Po rozwiązaniu parlamentu Barebone’a, John Lambert przedstawił nową konstytucję znaną jako Instrument of Government, ściśle wzorowaną na Heads of Proposals. Uczyniła ona Cromwella dożywotnim Lordem Protektorem, który miał podjąć się „naczelnej magistratury i administracji rządowej”. Miał prawo do zwoływania i rozwiązywania parlamentów, ale zgodnie z instrumentem był zobowiązany do uzyskania większości głosów Rady Stanu. Władzę Cromwella wzmacniała jednak także jego nieustająca popularność wśród armii, którą zdobył w czasie wojen domowych i której następnie roztropnie strzegł. Cromwell został zaprzysiężony na Lorda Protektora 16 grudnia 1653 r.
Władzy generałów dywizjiEdit
Pierwszy Parlament Protektoratu zebrał się 3 września 1654r, i po kilku początkowych gestach zatwierdzających nominacje dokonane wcześniej przez Cromwella, rozpoczął prace nad umiarkowanym programem reformy konstytucyjnej. Zamiast sprzeciwić się ustawie Parlamentu, Cromwell rozwiązał go 22 stycznia 1655 roku. Po powstaniu rojalistów pod wodzą Sir Johna Penruddocka, Cromwell (pod wpływem Lamberta) podzielił Anglię na okręgi wojskowe rządzone przez generałów-majorów armii, którzy odpowiadali tylko przed nim. Piętnastu generałów dywizji i ich zastępców, zwanych „bogobojnymi gubernatorami”, miało kluczowe znaczenie nie tylko dla bezpieczeństwa narodowego, ale także dla moralnej krucjaty Cromwella. Generałowie nadzorowali siły milicji i komisje bezpieczeństwa, pobierali podatki i zapewniali poparcie dla rządu w angielskich prowincjach i Walii. Do współpracy z nimi w każdym hrabstwie wyznaczono komisarzy do spraw zapewnienia pokoju w całym Commonwealth. Podczas gdy kilku z tych komisarzy było karierowiczami politycznymi, większość z nich była gorliwymi purytanami, którzy witali generałów dywizji z otwartymi ramionami i z entuzjazmem oddawali się ich pracy. Jednakże generałowie generalni przetrwali mniej niż rok. Wielu obawiało się, że zagrażają oni ich wysiłkom reformatorskim i autorytetowi. Ich pozycji dodatkowo zaszkodziła propozycja generała majora Johna Desborougha dotycząca podatków, które miały zapewnić wsparcie finansowe dla ich pracy, a które Parlament Drugiego Protektoratu – ustanowiony we wrześniu 1656 roku – odrzucił z obawy przed powstaniem stałego państwa wojskowego. Ostatecznie jednak, brak wsparcia Cromwella dla swoich ludzi, poświęcając ich dla swoich przeciwników, spowodował ich upadek. Ich działania między listopadem 1655 a wrześniem 1656 r. otworzyły jednak na nowo rany z lat czterdziestych i pogłębiły antypatię do reżimu.
Polityka zagranicznaEdit
W tym okresie Oliver Cromwell stanął również przed wyzwaniami w polityce zagranicznej. Pierwsza wojna angielsko-holenderska, która wybuchła w 1652 roku, przeciwko Republice Holenderskiej, została ostatecznie wygrana przez admirała Roberta Blake’a w 1654 roku. Wynegocjowawszy pokój z Holendrami, Cromwell przystąpił do działań wojennych z Hiszpanami za pośrednictwem swojego projektu zachodniego. Wiązało się to z tajnymi przygotowaniami do ataku na hiszpańskie kolonie na Karaibach. Efektem tego była inwazja na Jamajkę, która stała się kolonią angielską. Lord Protektor zdał sobie sprawę z wkładu społeczności żydowskiej w sukces gospodarczy Holandii, teraz głównego rywala handlowego Anglii. To właśnie to – w połączeniu z tolerowaniem przez Cromwella prywatnego kultu nie-purytan – doprowadziło do zachęcenia przez niego Żydów do powrotu do Anglii, 350 lat po ich wygnaniu przez Edwarda I, w nadziei, że pomogą oni przyspieszyć odbudowę kraju po zakłóceniach wojen domowych.
Po bitwie pod Dunkierką (1658) miasto Dunkierka zostało przyznane przez Francję Protektoratowi. W 1662 r. zostało sprzedane z powrotem Francji.
Rola Olivera CromwellaEdit
W 1657 r, Oliver Cromwell otrzymał od Parlamentu propozycję objęcia korony w ramach zrewidowanej ugody konstytucyjnej, co postawiło go przed dylematem, gdyż walnie przyczynił się do zniesienia monarchii. Cromwell przez sześć tygodni zastanawiał się nad tą ofertą. Pociągała go perspektywa stabilizacji, ale w przemówieniu z 13 kwietnia 1657 r. dał do zrozumienia, że opatrzność Boża opowiedziała się przeciwko urzędowi króla: „Nie starałbym się przywrócić tego, co Opatrzność zniszczyła i rozsypała w proch, i nie budowałbym ponownie Jerycha”.
W zamian za to Cromwell został uroczyście ponownie mianowany Lordem Protektorem (z większymi uprawnieniami niż te, które przyznano mu wcześniej pod tym tytułem) w Westminster Hall, zasiadając na krześle króla Edwarda, które specjalnie na tę okazję przeniesiono z opactwa westminsterskiego. Wydarzenie to po części przypominało koronację, wykorzystując wiele jej symboli i regaliów, takich jak purpurowa szata obszyta gronostajami, miecz sprawiedliwości, berło i koronę obszytą gronostajami (ale nie koronę ani orbę). Korona i oręż znajdowały się jednak na pieczęci lorda protektora. Jednak, co najważniejsze, urząd Lorda Protektora nadal nie miał stać się dziedziczny, choć Cromwell mógł teraz mianować swojego następcę. Nowe prawa i uprawnienia Cromwella zostały określone w Humble Petition and Advice, instrumencie legislacyjnym, który zastąpił Instrument of Government. Sam Cromwell starał się jednak zminimalizować swoją rolę, określając się mianem konstabla lub stróża. Jednak Cromwell „nigdy nie zdobył chętnej zgody narodu” i Protektorat opierał się na sile zbrojnej.