Instytucja składająca wniosek będzie instytucją fazy mentorowanej (K99). Wszystkie typy instytucji/organizacji wymienione powyżej kwalifikują się zarówno do fazy mentorowanej (K99), jak i niezależnej (R00), z następującymi wyjątkami: (1) Kwalifikujące się agencje rządu federalnego, takie jak program intramural NIH, kwalifikują się tylko do fazy mentorowanej; oraz (2) Kwalifikowalność organizacji, innych niż instytucje szkolnictwa wyższego, do fazy R00 zależy od charakteru nominacji oraz zdolności PD/PI do prowadzenia niezależnych badań i ubiegania się o granty badawcze NIH (R01 lub równoważne R01).
Kandydaci do K99/R00 są zdecydowanie zachęcani do uzyskania potwierdzenia ich kwalifikowalności od odpowiedniego IC przed rozpoczęciem przygotowywania wniosków. Na kandydacie spoczywa obowiązek udowodnienia, że spełnia on wszystkie kryteria kwalifikacyjne określone poniżej.
Każdy kandydat posiadający umiejętności, wiedzę i zasoby niezbędne do przeprowadzenia proponowanych badań jako dyrektor programowy/główny badacz (PD/PI) jest zaproszony do współpracy ze swoim mentorem i organizacją w celu opracowania wniosku o wsparcie. Osoby z niedostatecznie reprezentowanych grup rasowych i etnicznych, jak również osoby niepełnosprawne są zawsze zachęcane do ubiegania się o wsparcie NIH. Nie dopuszcza się wielokrotnych PD/PI.
K99/R00 wnioskodawcy muszą mieć nie więcej niż 4 lata doświadczenia w badaniach podoktorskich w odpowiednim terminie składania wniosków, niezależnie od tego, czy jest to nowy wniosek czy ponowne złożenie wniosku. Osoby muszą być na mentorowanych, podoktorskich stanowiskach szkoleniowych, aby kwalifikować się do ubiegania się o program K99/R00. Jeśli wnioskodawca osiągnie niezależność (tj. uzyska stanowisko wykładowcy lub stanowisko badawcze nieobjęte mentoringiem) przed przyznaniem nagrody K99, ani nagroda K99, ani nagroda R00 nie zostaną przyznane.