Margaret Rudkin zaczęła piec chleb w 1937 roku dla swojego najmłodszego syna Marka, który miał astmę i był uczulony na większość komercyjnie przetworzonej żywności. Lekarz jej syna polecił go swoim innym pacjentom i zachęcił ją do pieczenia większej ilości chleba. Jej pierwsza komercyjna sprzedaż trafiła do lokalnego sklepu spożywczego w Fairfield, Conn., Mercurio’s Market. Mąż Margaret, Henry, makler z Wall Street, zaczął zabierać bochenki chleba ze sobą do Nowego Jorku, aby sprzedawać je w specjalistycznych sklepach. Margaret przeniosła rozwijający się biznes z kuchni do garażu, a następnie do fabryki w 1940 roku. Racjonowanie żywności podczas II wojny światowej zmusiło ją do ograniczenia produkcji ze względu na ograniczoną dostępność składników wysokiej jakości. W 1947 roku Margaret otworzyła nowoczesną komercyjną piekarnię w Norwalk w stanie Connecticut, a wkrótce potem dodała zakłady w Illinois i Pensylwanii.
Podczas podróży do Europy w latach pięćdziesiątych Rudkin odkryła fantazyjne ciasteczka czekoladowe, które jej zdaniem byłyby popularne w Stanach Zjednoczonych. Kupiła prawa do ich produkcji i sprzedaży i tak narodziła się linia Distinctive Cookies. Pod jej kierownictwem firma Pepperidge Farm kontynuowała ekspansję na inne produkty, w tym mrożone wyroby cukiernicze, a później także szwajcarskie krakersy Goldfish. W 1961 roku sprzedała firmę firmie Campbell Soup Company za 28 milionów dolarów i została pierwszą kobietą zasiadającą w jej zarządzie. Wykorzystała swoją wiedzę i doświadczenie, pisząc w 1963 roku książkę kucharską The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook, która jako pierwsza książka kucharska w historii trafiła na listę bestsellerów New York Timesa.
Logotyp Pepperidge Farm nawiązuje do młyna Grist Mill w Sudbury w stanie Massachusetts, który dostarczał firmie 48 ton mąki pszennej miesięcznie w latach 1952-1967.
W latach 1952-1967 firma dostarczała 48 ton mąki pszennej miesięcznie.