ORF FinderEdit
The ORF Finder (Open Reading Frame Finder) jest graficznym narzędziem analitycznym, które znajduje wszystkie otwarte ramki odczytu o wybranym minimalnym rozmiarze w sekwencji użytkownika lub w sekwencji już znajdującej się w bazie danych. Narzędzie to identyfikuje wszystkie otwarte ramki odczytu przy użyciu standardowego lub alternatywnego kodu genetycznego. Wydedukowana sekwencja aminokwasowa może być zapisana w różnych formatach i przeszukiwana w bazie danych sekwencji przy użyciu serwera BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). ORF Finder powinien być pomocny w przygotowaniu kompletnych i dokładnych zgłoszeń sekwencji. Jest on również dołączony do oprogramowania Sequin (analizator sekwencji).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator jest programem, który nie tylko dostarcza informacji o sekwencjach kodujących i niekodujących, ale również potrafi wykonać globalne wyrównanie parami różnych sekwencji genów/regionów DNA. Narzędzie efektywnie wyszukuje ORFy dla odpowiadających im sekwencji aminokwasów i konwertuje je na ich jednoliterowy kod aminokwasowy, a także podaje ich lokalizację w sekwencji. Globalne wyrównanie parami pomiędzy sekwencjami pozwala na wykrycie różnych mutacji, w tym polimorfizmu pojedynczych nukleotydów. Do wyrównania genów używane są algorytmy Needlemana-Wunscha. ORF Investigator jest napisany w przenośnym języku programowania Perl, dzięki czemu jest dostępny dla użytkowników wszystkich popularnych systemów operacyjnych.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor jest serwerem internetowym przeznaczonym do identyfikacji regionów kodujących białka w sekwencjach pochodzących z EST (expressed sequence tag). Dla sekwencji zapytań z trafieniem w BLASTX, program przewiduje regiony kodujące w oparciu o ramki odczytu zidentyfikowane w dopasowaniach BLASTX, w przeciwnym razie przewiduje najbardziej prawdopodobny region kodujący w oparciu o sygnały wewnętrzne sekwencji zapytań. Na wyjściu otrzymujemy przewidywane sekwencje peptydowe w formacie FASTA oraz linię definicyjną zawierającą ID zapytania, ramkę odczytu translacji oraz pozycje nukleotydów, w których rozpoczyna się i kończy region kodujący. OrfPredictor ułatwia anotację sekwencji pochodzących z EST, szczególnie w przypadku dużych projektów EST.
ORF Predictor wykorzystuje kombinację dwóch różnych definicji ORF wspomnianych powyżej. Przeszukuje odcinki zaczynające się od kodonu start i kończące się na kodonie stop. Jako dodatkowe kryterium, wyszukuje kodon stopu w 5′ nieulegającym translacji regionie (UTR lub NTR, nontranslated region).
ORFikEdit
ORFik jest pakietem R w Bioconductor do znajdowania otwartych ramek odczytu i używania technologii sekwencjonowania następnej generacji do uzasadniania ORF-ów.
orfipyEdit
orfipy jest narzędziem napisanym w Pythonie/Cythonie do wyodrębniania ORF-ów w niezwykle szybki i elastyczny sposób. orfipy może pracować z sekwencjami FASTA i FASTQ w formacie zwykłym lub gzip, i zapewnia kilka opcji do dostrajania wyszukiwań ORF-ów; obejmują one określanie kodonów startu i stopu, zgłaszanie częściowych ORF-ów i używanie niestandardowych tabel translacji. Wyniki mogą być zapisywane w wielu formatach, w tym w efektywnym przestrzennie formacie BED. orfipy jest szczególnie szybszy w przypadku danych zawierających wiele mniejszych sekwencji FASTA, takich jak de-novo transkryptomowe asemblacje.