W Chicago występował w renomowanych teatrach Goodman i Steppenwolf. Flynn był nominowany do nagrody im. Josepha Jeffersona (Aktor w roli głównej, za The Ballad of the Sad Cafe, 1986). Występował także w Improv Olympic i Second City Comedy Troupe. W 1998 roku założył wraz z Davidem Koechnerem zespół improwizacyjny Beer Shark Mice, który był nadal aktywny w 2015 roku.
Ale jego rola w Scrubs była do tego momentu najbardziej widoczna, miał inne małe role w wielu różnych programach telewizyjnych i filmach, w tym That ’70s Show, Baby’s Day Out, CSI, My Boys, Seinfeld i Smallville.
W The Fugitive, gra policjanta z Chicago, który zostaje zabity przez jednorękiego człowieka, Fredericka Sykesa (Andreas Katsulas), podczas gdy on walczy z Dr. Richardem Kimble (Harrison Ford), skłaniając detektywów Departamentu Policji Chicago do polowania na postać Forda. Rola ta została wykorzystana w podplocie odcinka Scrubs „My Friend the Doctor”, kiedy J.D. (Zach Braff) zauważa postać Flynna w filmie i wierzy, że postać woźnego Flynna jest aktorem w filmie. W 2008 roku pracował ponownie z Harrisonem Fordem, grając podejrzanego funkcjonariusza organów ścigania jako agent FBI Smith w Indiana Jones i Królestwo Kryształowej Czaszki.
Flynn miał niewielką rolę w Mean Girls jako ojciec postaci Lindsay Lohan. Następnie zagrał rolę anonimowego policjanta w filmie Anchorman: Legenda Rona Burgundy’ego; scena ta została wycięta z ostatecznej wersji filmu, choć można ją obejrzeć w spin-offie filmu Wake Up, Ron Burgundy: The Lost Movie, a także w usuniętych scenach z DVD Anchorman. Miał niewielką rolę w Major League jako pracownik portu morskiego i fan Cleveland Indians. Flynn miał rolę w animowanym pilocie Phila Hendrie, który nie został przyjęty przez FOX. Był również pierwszym basemanem w filmie Rookie of the Year.
Flynn pojawił się raz w odcinku Drew Carey Show, grając fałszywego męża przyszłej gwiazdy Scrubs Christy Miller. Pojawił się również w jednym z odcinków Seinfelda, grając policjanta.
ScrubsEdit
Dla Scrubs, Flynn brał udział w przesłuchaniu do roli Dr. Coxa, ale zamiast tego otrzymał rolę dozorcy. Flynn został pierwotnie obsadzony tylko do pierwszego odcinka („My First Day”), ale stał się regularny, grając postać znaną tylko jako Woźny, który poświęca dużo swojej energii na niepokojenie młodego dr Johna „J.D.” Dorian. Jego nazwisko nie jest ujawnione w serialu aż do finału 8 sezonu, kiedy to po raz pierwszy J.D. pyta o to, po prostu mówi, że nazywa się Glenn Matthews. Spekuluje się, że jest to nieprawdziwe z dwóch powodów: po pierwsze, po wyjściu J.D. z ujęcia, sanitariusz zwraca się do woźnego jako „Tommy”; a po drugie, podczas oglądania The Fugitive z Carlą i Danni (szwagierką Dr. Coxa, graną przez Tarę Reid) w odcinku 3 sezonu „My Friend The Doctor”, J.D. zauważa prawdziwą postać Flynna w scenie w pociągu. Kiedy Janitor potwierdza, że był w filmie na końcu odcinka, niektórzy spekulowali, że prawdziwe nazwisko Janitora w Scrubs jest rzeczywiście Neil Flynn. Flynn był regularne serii z Scrubs przez pierwsze osiem sezonów. Kiedy Scrubs został odwołany przez NBC, a następnie odebrany przez ABC, podpisał drugą pozycję jeden rok umowy na Scrubs sezonie 9, który pozwoliłby mu kontynuować na Scrubs jeśli jego pilot The Middle nie został odebrany. The Middle został odebrany, chociaż wystąpił gościnnie w premierze sezonu 9 Scrubs.
The MiddleEdit
Długotrwała rola Flynna, Mike’a Hecka, była na ABC’s The Middle (2009-2018). Postać miała trójkę dzieci i pracowała w kamieniołomie wapienia Orson. Rodzina Heck była rodziną z klasy średniej w stanie Indiana. W 2017 roku serial świętował 200 odcinków.
Za swoją pracę w The Middle, Flynn został nominowany w kategorii Najlepszy aktor drugoplanowy w serialu komediowym na 6. edycji Critics' Choice Television Awards.
Praca głosowaEdit
Pracował również jako aktor głosowy dla serialu animowanego Buzz Astral z Star Command, choć jest bardziej znany z podkładania głosu popularnym postaciom Skidd McMarx i Hydraulik w pierwszych trzech grach Ratchet & Clank na PlayStation 2. Wystąpił również gościnnie w Kim Possible.
Flynn wcielił się w postać Maxa Flush’a w serialu telewizyjnym FOX Bob’s Burgers w odcinku „O.T.: The Outside Toilet”.
Od 2015 roku podkłada głos Chuckowi, przybranemu ojcu tytułowej bohaterki w animowanym serialu internetowym DC Comics Vixen.
W 2015 roku wcielił się w postać Maxa Flush’a.