Gdy akcja przeniosła się do Bostonu, Nets stracili 26-punktową przewagę w trzeciej kwarcie. Jason, który był bez punktów w ostatnich 12 minutach gry, przyjął na siebie dużą część winy za porażkę 94-90. Bardziej niż cokolwiek innego zdenerwował go sposób, w jaki Joumana i T.J. byli wyśmiewani przez cały mecz. Mając to w pamięci poprowadził New Jersey do zwycięstwa w meczu nr 4, a następnie dał się we znaki bostońskiej publiczności. Odrodzone Nets wygrały dwa kolejne mecze, dzięki czemu po raz pierwszy zagrały w Finałach NBA. Z 15 punktami, 13 zbiórkami i 13 asystami w Game 6, Jason został pierwszym graczem od lat 60-tych, który zanotował trzy triple-double w serii playoff.
Finał przeciwko Lakers okazał się być takim mismatch’em, jaki wszyscy przewidywali. Nets nie mieli sposobu na zatrzymanie Shaquille’a ONeala, a Kobe Bryant trafiał każdy swój wielki rzut. Jason próbował poderwać New Jersey, ale ciężar był zbyt duży do udźwignięcia. W baku nie było już nic. Lakers wygrali serię w czterech prostych dla ich trzeciego tytułu z rzędu.
Jason wszedł w sezon 2002-03 z całym światem u jego stóp. Będąc wolnym agentem na koniec kampanii, dyktował Nets jak chce budować drużynę. Najważniejszy ruch, jaki New Jersey wykonało w offseason, czyli wymiana Van Horna i MacCullocha za Dikembe Mutumbo, został wykonany po części po to, by go udobruchać. Transakcja ta dała Nets ciekawą wyjściową piątkę, w której Jefferson uzupełnił frontline o Martina i Mutumbo. Niestety, Big Man nabawił się kontuzji i opuścił praktycznie cały sezon regularny.
Mimo straty Mutumbo, Nets potwierdzili swój status jednej z najlepszych drużyn na Wschodzie. Przez cały grudzień wyglądało na to, że New Jersey ucieknie i schowa się przed resztą konferencji. Jefferson i Martin dojrzewali do bycia gwiazdami, a drugoplanowa obsada na zmianę dostarczała iskry z ławki. Jason tymczasem przeżywał kolejny sezon na miarę MVP. Zaliczył 12 double-double i pokazał, że jest bardziej dominującym strzelcem niż w poprzednich latach.
W miarę upływu czasu przeciwnicy znajdowali sposoby na spowolnienie szybkiej gry New Jersey, a zespół momentami męczył się w grze na połowie boiska. Jason zakończył rok z imponującymi statystykami – 18.7 ppg, 8.9 apg i 6.3 rpg – ale w playoffach było więcej pytań niż odpowiedzi. Przy stanie 49-33, klub był drugim seedem na Wschodzie, tracąc miejsce nr 1 na rzecz Detroit. To oznaczało, że jeśli Nets awansują do Finałów Konferencji przeciwko Pistons, to nie będą mieli przewagi własnego parkietu.
Kibice i media zastanawiali się czy New Jersey przetrwa mecz rundy wstępnej przeciwko Milwaukee. Przed trade deadline, Bucks pozyskali Gary’ego Paytona i połączyli go w backcourcie z Samem Cassellem. Milwaukee stanowiło teraz poważne wyzwanie. Nets stanęli na wysokości zadania. Dzięki 14 punktom i 14 asystom Jasona w Game 1, wygrali 109-96. Choć Bucks wygrali trzy noce później, to New Jersey udowodniło, że jest bardziej doświadczoną drużyną. Odnosząc trzy z czterech kolejnych zwycięstw, Nets zdemontowali Milwaukee i awansowali do półfinału. Jason zanotował swoje pierwsze triple-double w tym sezonie.
Od tego momentu drużyna zaczęła się rozpędzać. W następnej rundzie New Jersey zmierzyło się z Celtics, z którymi wygrało imponujące cztery mecze. Trafiając na wszystkie cylindry, Nets pokonali Boston w każdej fazie gry. Jason robił wszystko, co drużyna od niego wymagała. Dwukrotnie zebrał 10 lub więcej tablic w meczu, a w meczu nr 4 poprowadził wszystkich strzelców z 29 punktami.
New Jersey weszło do Finałów Konferencji z myślą o tytule mistrza NBA. W starciu z Pistons – drużyną o powolnym tempie, z duszącą obroną – Nets byli zdeterminowani, by zwalczyć ogień ogniem. Efektem tego była zacięta seria, w której żadna z drużyn nie miała zbyt wiele miejsca do działania. New Jersey wygrało dwa pierwsze spotkania w Detroit, które zakończyły się dwupunktowymi zwycięstwami. Bohaterem był Martin, który otworzył oczy swoją zdolnością do przejęcia gry w ataku. Jason był na tyle sprytny, że podawał piłkę do swojego wytatuowanego kolegi z drużyny i pozwalał mu robić swoje.
Wracając do New Jersey, Pistons wyglądali jak drużyna, która wie, że to już koniec. Wyczuwając ich rozpacz, Jason przejął całkowitą kontrolę nad serią. W meczu nr 3 rzucił 34 punkty i poprowadził Detroit do zwycięstwa 97-85. Dwa dni później dobił Pistons do końca. Nets przygotowywali się do drugiej w ciągu tylu lat podróży do Finałów NBA, tym razem przeciwko Spurs.
W okolicach Nowego Jorku media nie dawały Nets szans na pokonanie San Antonio. Duncan był najlepszym graczem NBA, a kiedy grał w parze z Robinsonem, Spurs mieli wyraźną przewagę w ataku. Dodając do tego Tony’ego Parkera i Emanuala Ginobiliego, San Antonio mogło pochwalić się eklektyczną kombinacją talentów.
Duncan i Parker byli gwiazdami Game 1, w którym San Antonio wygrało 101-89 dzięki wygranej w trzeciej kwarcie. Jason odwrócił losy spotkania dwie noce później, trafiając kilka niemożliwych do zrealizowania rzutów zza łuku w czwartej kwarcie, by przypieczętować zwycięstwo 87-85. Kolejne trzy spotkania w New Jersey były okazją do zdobycia tytułu na własnym parkiecie. Nie było to jednak możliwe. Duncan był po prostu za duży. Zdobywał punkty zawsze, gdy Spurs potrzebowali punktów, dostrzegał wolnych ludzi za każdym razem, gdy był podwajany w post i dominował w grze wokół obręczy na obu końcach. ew Jersey wydrapało zwycięstwo 77-76 w Game 4, w dużej mierze dzięki Jasonowi, który był bardzo skuteczny z linii rzutów wolnych w końcówce. San Antonio jednak doskonale realizowało swój plan gry. Wyłączając Martina, Jeffersona i resztę ekipy, Spurs zmusili Jasona do wzięcia na siebie większego ciężaru zdobywania punktów. Mniej efektywny, gdy myślał o pierwszym rzucie, musiał zbyt wiele robić sam, a New Jersey stało się przewidywalnie nieefektywne w ofensywie. Kiedy San Antonio wygrało Game 5, seria była już rozstrzygnięta.
Nets wyszli na prowadzenie, kiedy akcja przeniosła się z powrotem do Teksasu, ale 19-0 Spurs po przerwie pogrzebało Jasona i jego kolegów z drużyny na dobre. San Antonio sięgnęło po koronę, Duncan został uznany MVP, a Jason, który poniósł sporą część winy za szokujący upadek w Game 6, nie mógł zaoferować żadnych wymówek poza tym, że Spurs byli lepszym klubem.
Później Jason był wyraźnie niezobowiązujący w kwestii swojej przyszłości. Podczas gdy niektórzy spodziewali się, że druga z rzędu podróż do Finałów NBA będzie oznaczała jego powrót do New Jersey, on wskazywał inaczej. Szukał najpewniejszej drogi do mistrzostwa. Rozważał powrót na Zachód, gdzie rezyduje większość najmocniejszych drużyn NBA.
Jason myślał też o tym, co jest najlepsze dla Joumany i dzieci. Po narodzinach bliźniaków, Miah i Jazelle, w 2001 roku, rodzina stała się dla niego jeszcze ważniejsza. Odejście ojca oraz śmierć Jima Hadnota i Franka LaPorte również miały na niego wpływ. Kolejny wstrząs dla jego systemu nastąpił w październiku 2002 roku, kiedy zmarł Gary Mack. Mack był doradcą i psychologiem sportowym w Phoenix, który pomógł mu w jego kłopotach małżeńskich.
W końcu Jason musiał zdecydować między broniącym tytułu mistrzowskiego Spurs a Nets. Kiedy New Jersey zaoferowało więcej pieniędzy, jego wybór został dokonany. Zgodził się na sześcioletnią umowę opiewającą na 99 milionów dolarów i rozpoczął przygotowania do kolejnego starcia o tytuł mistrza NBA.
Aby uspokoić Jasona, Nets podpisali kontrakt z Alonzo Mourningiem, który miał wzmocnić ich frontcourt. Ruch ten okazał się katastrofalny. Dolegliwości nerek utrudniały Mourningowi grę przez cały rok, a w styczniu 2004 roku skończył po występach w zaledwie 12 meczach. Bez niego Nets zmagali się z problemami. W połowie sezonu byli tylko dwa mecze powyżej .500, zwolnili Scotta i zastąpili go asystentem Lawrence’em Frankiem. Trener o dziecięcej twarzy dostarczył New Jersey iskry – klub wygrał 13 meczów z rzędu i wspiął się z powrotem do czołówki na Wschodzie.
Nets musieli również przetrwać kontuzję kolana Jasona, która zmusiła go do opuszczenia 15 spotkań. Zespół utrzymał się jednak nad wodą dzięki dobrej grze Martina i Jeffersona. New Jersey zakończyło rozgrywki z bilansem 47-35, co wystarczyło na zdobycie tytułu mistrza Atlantic Division i drugiego miejsca w playoffach. Jason kończył sezon notując średnio 15.5 punktów, 9.2 asyst (najlepszy wynik w NBA) i 6.2 zbiórek.
New Jersey zmierzyło się w pierwszej rundzie z drugoligowymi Knicks i zmiotło ich w czterech meczach. To ustawiło spotkanie z Pistons, którzy wykorzystali swoją zaciekłą obronę do objęcia prowadzenia 2-0 w serii. Nets wygrali dwa kolejne mecze, by wyrównać stan rzeczy. Jason był rewelacyjny w Game 4, zaliczając w Detroit triple-double z 22 punktami, 11 asystami i 10 zbiórkami.
Kiedy Nets wygrali Game 5, wydawało się, że mają wszystko pod kontrolą. Jednak Pistons odbili się w Game 6, a następnie pokonali New Jersey w decydującym meczu. To była gorzka strata dla całej drużyny, a w szczególności dla Jasona. Był okropny w Game 7, nie trafiając nic na 0-for-11 z dystansu.
Nastrój Jasona nie poprawił się latem, zwłaszcza po tym, jak Nets pozwolili Martinowi odejść do Denver jako wolny agent. Na jego miejsce podpisali kolekcję NBA journeymenów, z których żaden nie miał mieć większego wpływu na grę. Kiedy rozpoczął się sezon 2004-05, New Jersey wyglądało jakby nie miało już nic w baku. Jason był wyraźnie niezadowolony. Kiedy Jefferson doznał kontuzji nadgarstka, fani zaczęli panikować.
Jason i Nets odpowiedzieli bardziej energiczną grą. Dzięki gorącemu finiszowi New Jersey osiągnęło wynik 42-40 i awansowało do playoff. Nenad Krstic okazał się być skutecznym zbierającym i strzelcem, a Frank pokazał, że potrafi zrobić wiele z niewielką ilością punktów. Najważniejszym wydarzeniem było jednak pozyskanie Vince’a Cartera z Raptors. Ożywiony biletem z Toronto, Carter odzyskał formę All-Star i dał Jasonowi idealnego partnera do biegania. Kiedy Jefferson wrócił do pełni zdrowia, Nets mogli pochwalić się groźnym trójgłowym atakiem, z Krsticem wnoszącym cenny wkład w grę w paint. Jason, który sam zmagał się z różnymi kontuzjami, zanotował spadek liczby zdobytych punktów i podań, ale jego przywództwo na parkiecie pozostało kluczowe dla klubu.
Nets w pierwszej rundzie wylosowali Heat. Miami dokonało wielkiej wymiany w off-season, pozyskując Shaqa z Lakers za Lamara Odoma, Carona Butlera i kilku innych. Z wielkim gościem, który boryka się z bólem nogi, wielu przewidywało, że New Jersey będzie w stanie go pokonać. Tak się jednak nie stało. Dwyane Wade był solidny, Shaq zdołał zdobyć swoje punkty, a ławka Miami była fantastyczna. Nets natomiast sprawiali wrażenie niezsynchronizowanych. Jason słabo rzucał, Carter starał się robić zbyt wiele, a Jefferson dopiero w Game 3 złapał rytm. Wtedy było już za późno. Heat wygrali całą serię w czterech meczach.
Nets rozpoczęli sezon 2005-06 z nienaruszonym triumwiratem Jason, Carter i Jefferson. To dało New Jersey wielką szansę na dominację w coraz słabszej Dywizji Atlantyckiej NBA. Udało im się to dzięki solidnej kampanii z 49 zwycięstwami. Nets potrzebowali trochę czasu, aby ustalić rytm gry – przez większość sezonu na przemian wygrywali i przegrywali. Jason wziął na siebie sporą część winy, ale w końcu otrzymał wiele zasług, gdy New Jersey wygrało 17 z ostatnich 22 meczów, by z impetem wejść do playoffów. Notował średnio 13,3 punktu, 8,4 asysty i 7,3 zbiórki. Carter natomiast pobił rekord zespołu w punktach z 1,911 i zdobył 20 lub więcej punktów 23 razy z rzędu podczas jednego z odcinków.
Nets pozbyli się Pacers w pierwszej rundzie, wygrywając cztery z pięciu spotkań po tym, jak przegrali pierwszy mecz u siebie. W drugiej rundzie, New Jersey wyglądało świetnie przeciwko Heat, którzy wygrali Game 1, ale potem przegrali cztery kolejne, w tym finał 106-105. Mimo, że Miami wygrało mistrzostwo, to w New Jersey nie obyło się bez drugiej porażki w playoffach.
Jason znów znalazł się pod lupą. Mimo, że nadal był solidnym graczem w obronie i jak zawsze świetnym graczem generalnym, pojawiły się pytania o jego motywację i wiek. Jason miał nadzieję odpowiedzieć na nie w sezonie 2006-07.
Wyłonienie się Krstica jako realnego czwartego strzelca sprawiło, że niektórzy przewidywali, że Nets po raz kolejny wystartują w Finałach NBA. Ten sen został jednak przerwany na początku roku, kiedy to New Jersey zostało przytłoczone przez kontuzje. Krstic odszedł na sezon z kontuzjowanym kolanem, a Jefferson stracił kilka miesięcy z kontuzjowaną kostką.
Nets weszli w marzec z przegranym rekordem, ale po powrocie Jeffersona zbliżyli się do poziomu .500. New Jersey wygrało 10 z ostatnich 13 meczów. Jason był kluczowym graczem. Miał świetny rok, w którym notował średnio 13,0 punktów, 9,2 asysty i 8,2 zbiórki. Znalazł się także w All-Defensive Second Team NBA.
W pierwszej rundzie playoffs przeciwko Raptors, Jason zrobił wszystko z 14 punktami, 13 asystami i 10 zbiórkami. Nets stosunkowo łatwo pokonali Toronto, ale w kolejnej rundzie trafili na rozgrzanego do czerwoności LeBrona Jamesa i Cleveland Cavaliers. Po raz kolejny New Jersey odpadło w drugiej rundzie na rzecz finalistów NBA ze Wschodu.
Po dwóch podróżach do Finałów NBA i kilku bliskich porażkach, Nets wydawali się tracić przewagę w sezonie 2007-08. Jason grał ciężko na początku roku, mając nadzieję, że podniesie zespół, ale już wtedy myślał o nowym adresie. Wydawało się jasne, że Jason nie czuł się już na tyle dobrze w New Jersey, by móc walczyć o mistrzostwo. W końcu dał znać drużynie, że chce odejść. Umowa z Lakers wydawała się możliwa, ale LA nie chciało rozstać się z młodym centrem Andrew Bynumem.
Jason w pierwszej połowie sezonu w większości kategorii notował wzrosty, co pomogło Nets go przenieść. Drużyną, która w końcu zgłosiła się z przyzwoitym pakietem było Dallas, pierwotny klub Jasona. Kluczowym graczem Mavs, który powędrował do New Jersey był Devin Harris. Dallas dodało także dwa picki w drafcie.