Homeotic genes occupy a central position in the hierarchy of genes controlling the early steps of embryonic development in Drosophila. Są one zaangażowane w specyfikację indywidualnej tożsamości każdego segmentu ciała owada. Większość genów homeotycznych Drosophila zlokalizowana jest w dwóch dużych klastrach genowych, kompleksie Antennapedia (ANT-C) i kompleksie Bithorax (BX-C). Geny te ulegaj± ekspresji w dwóch czę¶ciowo nakładaj±cych się na siebie domenach, których pozycje wzdłuż osi przednio-tylnej organizmu s± współliniowe z ich położeniem w obrębie każdego z kompleksów. Pięć genów ANT-C bierze udział w określaniu tożsamości niektórych segmentów głowy oraz pierwszego i drugiego segmentu klatki piersiowej. Trzy geny BX-C określają tożsamość tylnego przedziału drugiego i trzeciego segmentu piersiowego oraz ośmiu segmentów brzusznych. Badania molekularne wykazały, że białka kodowane przez geny homeotyczne mają wspólny motyw 60 aminokwasów, homeo box, którego struktura helisa-turn-helix umożliwia im, jako czynnikom transkrypcyjnym, wiązanie się ze specyficznymi sekwencjami DNA w cis-aktywnych regionach regulatorowych ich docelowych genów. Wysoki stopień zachowania filogenetycznego homeoboksu umożliwił identyfikację i izolację ponad pięćdziesięciu genów homeoboksów (genów Hox) u wielu organizmów eukariotycznych, w tym u nicieni, Xenopus, myszy i człowieka. W genomach myszy i człowieka geny Hox s± skupione w tandemie w czterech dużych kompleksach genowych zlokalizowanych na oddzielnych chromosomach. Stwierdzono, że względne pozycje genów w obrębie klastrów oraz pozycje przednich granic ich domen ekspresji wzdłuż osi przednio-tylnej centralnego układu nerwowego i przedkręgowego kręgosłupa embrionu myszy są współliniowe. Podobieństwa pomiędzy strukturą, organizacją i wzorcem ekspresji genów homeotycznych Drosophila i genów homeobox kręgowców sugerują, że pewne podstawowe zasady organizacji i rozwoju embrionalnego zostały zachowane podczas długiego okresu ewolucji, który upłynął od czasu rozejścia się linii filogenetycznych prowadzących do powstania kręgowców i stawonogów.