Wczesny rozwój flagi Izraela był częścią pojawienia się syjonizmu pod koniec XIX wieku. Jacob Askowith i jego syn Charles zaprojektowali „flagę Judy”, która została wywieszona 20 lipca 1891 r. w sali B’nai Zion Educational Society w Bostonie, Massachusetts, USA. Wzorowana na tradycyjnym ṭallit, czyli żydowskim szalu modlitewnym, flaga ta była biała z wąskimi niebieskimi pasami przy brzegach, a w środku miała starożytną sześcioramienną Tarczę Dawida z napisem Maccabee w niebieskich literach. Isaac Harris z Bostonu przedstawił ten pomysł flagi w 1897 roku na pierwszym międzynarodowym Kongresie Syjonistycznym, a inni, w tym David Wolfsohn, wymyślili podobne projekty. Wariacje były używane przez ruch syjonistyczny oraz, podczas II wojny światowej, przez Żydowską Grupę Brygadową armii brytyjskiej.
Flaga syjonistyczna była wywieszona w Palestynie i została podniesiona, gdy Izrael ogłosił swoją niepodległość 14 maja 1948 roku. W dniu 12 listopada tego roku weszła w życie ustawa przyjęta przez Kneset, parlament Izraela, uznająca sztandar syjonistyczny za oficjalną flagę narodową. Flagi przeznaczone do użytku na statkach zawierały te same kolory i Tarczę Dawida, ale charakterystyczne tła zostały zaprojektowane tak, aby były lepiej rozpoznawalne na morzu.
Dokładny odcień koloru flagi nie jest określony przez prawo izraelskie, ani przez Instytut Standardów Izraela. Ciemny odcień niebieskiego jest jednak opisany w obwieszczeniu (z 18 lutego 1950) Izraelskiego Biura Informacji. Jaśniejsze odcienie niebieskiego były używane we wcześniejszych flagach i nadal są używane przez niektóre organizacje izraelskie, ale mówi się, że jaśniejsze kolory łatwo blakną w ostrym słońcu Izraela.