Dużo badań mapuje wzorce przepływu genów pomiędzy krzyżówkami i Czarnymi Kaczkami.
Król ptasich hybryd? krzyżówka (Anas platyrhynchos), ten gatunek kaczki zhybrydyzował się z co najmniej 39 innymi gatunkami. Większość z tych hybrydyzacji dotyczy blisko spokrewnionych gatunków, takich jak kaczka cętkowana (A. fulvigula) czy kaczka plamista (A. zonorhyncha). Przy całym tym krzyżowaniu można by się spodziewać, że krzyżówka zasymiluje wszystkie inne gatunki, co doprowadzi do wymarcia genetycznego. Taki scenariusz został już zaproponowany dla amerykańskiej kaczki czarnej (A. rubripes) we wschodnich Stanach Zjednoczonych (patrz Mank et al. 2004). Ostatnie badania w czasopiśmie Ecology and Evolution ponownie przeanalizowały przypadek krzyżówki x kaczki czarnej z nowymi danymi genetycznymi.
An American Black Duck (from: https://birdsna.org/)
Niewiele krzyżowania wstecznego
Philip Lavretsky (University of Texas) i jego koledzy przedstawiają „najbardziej kompleksowe badanie molekularne krzyżówek i czarnych kaczek do tej pory” poprzez zebranie 290 próbek w całym zasięgu obu gatunków. Badacze określili ilościowo stopień przepływu genów pomiędzy krzyżówką a kaczką czarną, przypisując każdego osobnika do klasy pokoleniowej. Na przykład: czysty gatunek, hybryda pierwszego pokolenia (F1), krzyżówka wsteczna z krzyżówką, i tak dalej.
Analiza ta ujawniła stosunkowo niewiele krzyżówek wstecznych. W rzeczywistości osobniki, które krzyżowały się z Czarną Kaczką lub Krzyżówką były genetycznie nieodróżnialne od osobników „czystych” w ciągu jednego lub dwóch pokoleń. Sugeruje to, że przepływ genów pomiędzy tymi gatunkami jest niewielki. W przeciwieństwie do poprzednich prac, Czarna Kaczka nie jest asymilowana przez krzyżówki. Jednakże, analiza ta opiera się tylko na 0,04% genomu (przy użyciu danych RADseq), więc mogli przeoczyć ważne regiony genomowe.
Para krzyżówek (z: http://www.wikipedia.com/)
MtDNA
Szczegółowe analizy próbek krzyżówek ujawniły dwie wyraźne populacje, które badacze określają jako krzyżówki zachodnie i niezachodnie. Kaczki z grupy niezachodniej, występujące głównie na wschód od rzeki Missisipi, noszą w sobie genetyczny sygnał, który sugeruje hybrydyzację z dzikimi kaczkami. Aby zrozumieć ten sygnał, muszę przedstawić kilka szczegółowych informacji na temat struktury mitochondrialnego DNA (mtDNA) u krzyżówek.
Na podstawie mtDNA krzyżówki należą do jednej z dwóch grup, tzw. haplotypów A i B. Kaczki ze Starego Świata są nosicielami haplotypu A, podczas gdy oba haplotypy można znaleźć w populacjach kaczek z Nowego Świata. Przyczyna takiego stanu rzeczy nie została jeszcze wyjaśniona. Może być tak, że w Nowym Świecie występował tylko haplotyp B, ale przepływ genów (historyczny lub niedawny) wszystko wymieszał. Lub też populacje Nowego Świata powstały stosunkowo niedawno i haplotyp B nie rozprzestrzenił się jeszcze na ich obszarze (tj. niepełne sortowanie linii).
Kaczki zdziczałe
W każdym razie większość niezachodnich krzyżówek nosi haplotyp A, który pochodzi ze Starego Świata. Najbardziej prawdopodobnym źródłem tego haplotypu są zdziczałe kaczki, które były (i nadal są) wypuszczane w Ameryce Północnej. Ptaki łowne pochodzą z Eurazji i są nosicielami haplotypu A. W oparciu o te wzorce badacze proponują następujący scenariusz: mieszańce mają tendencję do krzyżowania się z krzyżówkami z krzyżówkami, a te z kolei krzyżują się ze zdziczałymi kaczkami. Aby potwierdzić tę hipotezę, potrzebne są jednak próbki ptaków z farm łowieckich. Z pewnością będzie więcej badań nad tym systemem. Warto więc śledzić Avian Hybrids Project.
Możliwy scenariusz krzyżowania na podstawie wyników badań Lavretsky’ego et al. (2019). Hybrydy Mallard x Black Duck krzyżują się wstecznie z Mallardami. Ptaki te następnie krzyżują się ze zdziczałymi kaczkami, w wyniku czego dochodzi do transferu haplotypu A ze zdziczałych Mallardów do ptaków niezachodnich.