Nascido a 21 de Agosto de 1858 no Palácio Laxenburg a sul de Viena, Rudolf foi o terceiro filho e desejado filho e herdeiro do Imperador Francisco José e da Imperatriz Isabel.
Rudolf foi perfurado pelo seu pai nas virtudes soldadas da disciplina, obediência e resistência, uma abordagem que estava em desacordo com a constituição delicada e a disposição sensível da criança. Logo no dia seguinte ao seu nascimento, a criança foi nomeada comandante de um regimento de infantaria pelo seu orgulhoso pai, e com a idade de dois anos Rudolf vestiu o seu primeiro uniforme militar. A educação e educação do rapaz foi confiada a um oficial superior, o Major-General Conde Leopold Gondrecourt. Os seus métodos educativos beiravam o sádico: a fim de endurecer o rapazinho, que aos olhos do seu pai era demasiado sensível, Rudolf foi sujeito a horas de rigorosa perfuração militar em todos os tempos, ou acordado com tiros de pistola a meio da noite, levando a criança à beira do colapso mental e físico.
O isolamento do príncipe na sua primeira infância foi agravado pelas dificuldades que teve em estabelecer uma relação com a sua mãe, uma vez que Elisabeth esteve maioritariamente ausente da corte durante os primeiros anos da sua vida. Ela própria teve extrema dificuldade em afirmar as suas necessidades pessoais contra as regras da corte vienense.
No seu regresso à corte de Viena, Elisabeth descobriu que os métodos educacionais a que o seu filho tinha sido submetido o tinham transformado num naufrágio mental e físico. Neste momento de crise, Elisabeth mostrou a sua força de vontade, apresentando ao seu marido um ultimato em 1865: ou ela teria autoridade absoluta sobre a educação dos seus filhos ou deixaria a corte para sempre.
Franz Joseph cedeu às exigências da sua esposa, levando a uma completa inversão do programa educacional do príncipe herdeiro. O seu novo tutor, o Conde Joseph Latour von Thurmburg, teve uma visão completamente liberal. Rapidamente conseguiu estabelecer uma relação de confiança com a criança tímida, e até Rudolf completar a sua educação em 1877, deveria continuar a ser a figura mais influente na vida do príncipe, que era altamente inteligente e sedento de conhecimento. O foco da educação de Rudolf residia agora menos no treino militar do que na ciência e conhecimento geral, que eram considerados pela aristocracia da época como pouco mais do que pedantice e sofisma burguês. O príncipe herdeiro recebeu uma educação que estava a par das correntes contemporâneas, moldando-o num liberal ardente que estava aberto a novas ideias. O seu contacto com intelectuais, estudiosos e cientistas alienou-o dos ideais da sociedade aristocrática. Contudo, para grande desgosto do príncipe herdeiro, o seu pai não lhe permitiria estudar na universidade, uma vez que isso não seria próprio do seu posto.
Rudolf – aprendiz da coroa