Margaret Rudkin começou a fazer pão em 1937 para o seu filho mais novo Mark, que tinha asma e era alérgico à maioria dos alimentos processados comercialmente. O médico do seu filho recomendou-o aos seus outros pacientes e encorajou-a a cozer mais pão. A sua primeira venda comercial foi ao seu merceeiro local em Fairfield, Conn., Mercurio’s Market. O marido de Margaret, Henry, um corretor de Wall Street, começou a levar pães com ele para Nova Iorque para serem vendidos em lojas especializadas. Ela mudou o negócio em crescimento da sua cozinha para a sua garagem, e depois para uma fábrica em 1940. O racionamento durante a Segunda Guerra Mundial forçou-a a reduzir a produção devido à disponibilidade restrita de ingredientes de qualidade. Em 1947, Margaret abriu uma padaria comercial moderna em Norwalk, Connecticut, e pouco depois acrescentou plantas em Illinois e Pennsylvania.
Numa viagem à Europa nos anos 50, Rudkin descobriu bolachas de chocolate chiques que ela acreditava que seriam populares nos Estados Unidos. Comprou os direitos de os produzir e vender, e nasceu a linha Distinctive Cookies. Sob a sua gestão, a Pepperidge Farm continuou a expandir-se para outros produtos, incluindo artigos de pastelaria congelados e, mais tarde, a bolacha de aperitivos Goldfish da Suíça. Em 1961, vendeu o negócio à Campbell Soup Company por 28 milhões de dólares e tornou-se a primeira mulher a servir no seu conselho de administração. Ela recorreu aos seus conhecimentos e experiência para escrever The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook em 1963, que foi o primeiro livro de receitas a fazer a lista de Best Seller do New York Times.
O logotipo da Pepperidge Farm baseia-se no Grist Mill em Sudbury, Massachusetts, que forneceu à empresa 48 toneladas de farinha de trigo integral mensalmente de 1952 a 1967.