ORF FinderEdit
O ORF Finder (Open Reading Frame Finder) é uma ferramenta de análise gráfica que encontra todos os quadros de leitura abertos de tamanho mínimo seleccionável numa sequência de utilizador ou numa sequência já existente na base de dados. Esta ferramenta identifica todos os quadros de leitura abertos utilizando os códigos genéticos padrão ou alternativos. A sequência de aminoácidos deduzida pode ser guardada em vários formatos e pesquisada contra a base de dados de sequências utilizando o servidor básico de pesquisa de alinhamento local (BLAST). O ORF Finder deve ser útil na preparação de envios de sequências completas e precisas. Também é embalado com o software de submissão de sequências Sequin (analisador de sequências).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator é um programa que não só fornece informações sobre as sequências de codificação e não codificação, mas também pode efectuar o alinhamento global em pares de diferentes sequências de regiões genes/DNA. A ferramenta encontra eficazmente as ORFs para as sequências de aminoácidos correspondentes e converte-as no seu código de aminoácidos de letra única, e fornece as suas localizações na sequência. O alinhamento global em pares entre as sequências torna conveniente detectar as diferentes mutações, incluindo o polimorfismo de um único nucleótido. Os algoritmos de Needleman-Wunsch são utilizados para o alinhamento dos genes. O ORF Investigator é escrito na linguagem de programação portátil Perl, e está portanto disponível para utilizadores de todos os sistemas operativos comuns.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor é um servidor web concebido para identificar regiões codificadoras de proteínas em sequências derivadas de sequências expressas (EST). Para sequências de consulta com um acerto em BLASTX, o programa prevê as regiões codificadoras com base nos quadros de leitura de tradução identificados em alinhamentos BLASTX, caso contrário, prevê a região codificadora mais provável com base nos sinais intrínsecos das sequências de consulta. A saída são as sequências de peptídeos previstos no formato FASTA, e uma linha de definição que inclui o ID da consulta, o quadro de leitura da tradução e as posições dos nucleótidos onde começa e termina a região de codificação. OrfPredictor facilita a anotação de sequências derivadas de EST, particularmente, para projectos EST em grande escala.
ORF Predictor utiliza uma combinação das duas definições diferentes de ORF acima mencionadas. Procura trechos que começam com um códão de partida e terminam num códão de paragem. Como critério adicional, procura um códão de paragem na região não traduzida de 5′ (UTR ou NTR, região não traduzida).
ORFikEdit
ORFik é um pacote R em Biocondutor para encontrar quadros de leitura abertos e utilizar tecnologias de sequenciação de próxima geração para justificação de ORFs.
orfipyEdit
orfipy é uma ferramenta escrita em Python/Cython para extrair ORFs de forma extremamente rápida e flexível. orfipy pode trabalhar com sequências FASTA e FASTQ simples ou gzipadas, e fornece várias opções para afinar as buscas ORF; estas incluem a especificação dos códones de início e de fim, relatando ORFs parciais, e utilizando tabelas de tradução personalizadas. Os resultados podem ser guardados em múltiplos formatos, incluindo o formato BED com eficiência de espaço. orfipy é particularmente mais rápido para dados contendo múltiplas sequências FASTA mais pequenas, tais como conjuntos de transcriptoma de-novo.