No seu primeiro “Relatório do Presidente” datado de Junho de 1866, Lee solicitou que o conselho de administradores do Washington College disponibilizasse fundos apropriados para a construção de uma capela maior. Lee salientou que o colégio precisava de um espaço suficientemente grande para acomodar o crescente corpo estudantil e sugeriu que os administradores convertessem a antiga sala da capela em salas de aula muito necessárias. A direcção designou uma comissão para investigar o assunto. Um mês mais tarde, a comissão recomendou a aprovação do pedido de Lee e apresentou “um plano preparado pelo Presidente Lee”. Outras provas, contudo, incluindo uma carta de 1866 do Coronel Thomas Williamson, professor de engenharia civil e militar do Instituto Militar da Virgínia, indicam que Williamson era o arquitecto, enquanto Lee e o seu filho Custis Lee serviam como consultores. Ilustrações do edifício do Smithsonian Institution de John Renwick em 1847, também conhecido como “O Castelo”, influenciaram fortemente o delicado desenho românico de Williamson da Capela de Lee. A sua torre graciosamente queimada e as suas altas janelas treliçadas contrastam fortemente com o resto do clássico Washington College, cuja colunata distinta enfrenta, e o campus gótico do VMI.
A capela, que Lee descreveu como “uma adição agradável e útil aos edifícios do Colégio”, foi dedicada na manhã de 14 de Junho de 1868. Mais tarde nessa tarde, inaugurando uma tradição do Washington College, foram realizados exercícios de iniciação dentro da capela. Com o início do período de Setembro, a nova capela foi utilizada para serviços religiosos diários e como auditório. Lee assistia ao serviço da capela todas as manhãs e depois descia para trabalhar no seu escritório na cave.
Após a morte de Lee, a sua viúva seleccionou a capela como local de sepultamento. Um cortejo fúnebre levou os seus restos mortais para a capela a 14 de Outubro de 1870, e cadetes do VMI forneceram a guarda de honra durante toda a noite. O funeral de Lee foi realizado na manhã seguinte, seguido do seu enterro numa abóbada de tijolos forrada de cimento no porão da capela. Uma cerimónia na capela, a 19 de Janeiro de 1872, o aniversário de Lee – apresentou um discurso de Jubal A. Early, no qual o ex-general confederado defendeu a “maravilhosa capacidade e ousadia de Lee como comandante militar”. O discurso foi proferido no contexto de discussões entre antigos Confederados sobre quem era o culpado da derrota Confederada na Guerra Civil (e especialmente a derrota na Batalha de Gettysburg em Julho de 1863) e foi um acontecimento marcante na criação da chamada visão da causa perdida da guerra.
Após um ano da sua morte, em 1871, a Associação Lee Memorial encomendou uma estátua de mármore em tamanho real a Edward Valentine. Nenhuma casa adequada foi encontrada para ela até 28 de Junho de 1883, quando o Mausoléu de Lee e uma sala memorial foram dedicados no fundo da capela.
Túmulo e estátua de Lee foram venerados desde o momento da sua criação – em linha com o estatuto de Lee como o derradeiro herói na interpretação da Causa Perdida da Guerra Civil – mas a capela só ganhou reconhecimento como santuário sagrado após a viragem do século XX. A discussão sobre a ampliação da capela nos anos 20 ajudou a solidificar o seu estatuto como memorial à vida e carácter de Lee, mas em vez disso a capela foi à prova de fogo. O trabalho de restauro nos anos 60 actualizou a estrutura, mas resultou na perda de muito material original. Renovações mais conservadoras nos anos 90 proporcionaram cablagens e comodidades modernas, protegendo ao mesmo tempo a integridade arquitectónica da capela. Embora já não seja suficientemente grande para acomodar todo o corpo estudantil, a capela e os seus terrenos continuam a servir de local para importantes eventos colegiais e cívicos, e para honrar o legado do seu homónimo.