Os genes homóticos ocupam uma posição central na hierarquia dos genes que controlam os primeiros passos do desenvolvimento embrionário em Drosophila. Eles estão envolvidos na especificação da identidade individual de cada segmento do corpo do insecto. A maioria dos genes homóticos de Drosophila estão localizados em dois grandes grupos de genes, o complexo Antennapedia (ANT-C) e o complexo Bithorax (BX-C). Estes genes são expressos em dois domínios parcialmente sobrepostos, cujas posições ao longo do eixo anterior-posterior do organismo são colineares com a sua posição dentro de cada complexo. Cinco genes da ANT-C estão envolvidos na especificação da identidade de alguns segmentos da cabeça e do primeiro e segundo segmentos torácicos. Os três genes do BX-C determinam as identidades do compartimento posterior do segundo e terceiro segmentos torácicos e dos oito segmentos abdominais. Estudos moleculares revelaram que as proteínas codificadas pelos genes homeoticos partilham um motivo de 60 aminoácidos, a caixa homeo, cuja estrutura de hélice volta-hélice lhes permite ligarem-se como factores de transcrição a sequências específicas de ADN nas regiões reguladoras cis-acting dos seus genes alvo. O elevado grau de conservação filogenética da homeobox tornou possível a identificação e o isolamento de mais de cinquenta genes homeobox (genes Hox) em muitos organismos eucarióticos, incluindo nemátodos, Xenopus, ratos e homens. No rato e nos genomas humanos, os genes Hox estão agrupados em quatro grandes complexos genéticos localizados em cromossomas separados. As posições relativas dos genes dentro dos aglomerados e as posições dos limites anteriores dos seus domínios de expressão ao longo do eixo anterior-posterior do sistema nervoso central e da coluna vertebral do embrião de rato foram consideradas colineares. As semelhanças entre a estrutura, organização e padrão de expressão dos genes homóticos de Drosophila e dos genes homeobox de vertebrados sugerem que alguns princípios básicos de organização e desenvolvimento embrionário foram preservados durante o longo período de evolução que decorreu desde a divergência das linhagens filogenéticas que levaram aos vertebrados e artrópodes.