A instituição candidata será a instituição mentor (K99) fase. Todos os tipos de instituição/organização listados acima são elegíveis tanto para a fase mentorada (K99) como para a fase independente (R00), com as seguintes excepções: (1) As agências elegíveis do governo federal, tais como o programa intramural NIH, são elegíveis apenas para a fase mentorada; e (2) A elegibilidade de organizações, que não sejam instituições de ensino superior, para a fase R00 depende da natureza da nomeação, e da capacidade do PD/PI para conduzir investigação independente e candidatar-se a bolsas de investigação NIH (R01 ou R01-equivalente).
Candidatos para o K99/R00 são fortemente encorajados a obter confirmação da sua elegibilidade do respectivo CI antes de começarem a preparar as suas candidaturas. Cabe ao candidato fornecer provas de que preenche todos os critérios de elegibilidade delineados abaixo.
Qualquer candidato com as competências, conhecimentos e recursos necessários para levar a cabo a investigação proposta, uma vez que o Director do Programa/Investigador Principal (PD/PI) é convidado a trabalhar com o seu mentor e organização para desenvolver uma candidatura para apoio. Os indivíduos de grupos raciais e étnicos subrepresentados, bem como os indivíduos com deficiência, são sempre encorajados a candidatarem-se ao apoio do NIH. Não são permitidos PD/PI múltiplos.
K99/R00 candidatos não devem ter mais de 4 anos de experiência de investigação pós-doutoramento a partir da data de vencimento da candidatura relevante, independentemente de se tratar de uma candidatura nova ou de uma nova apresentação. Os indivíduos devem estar em postos de formação de pós-doutoramento para serem elegíveis para se candidatarem ao programa K99/R00. Se um candidato atingir a independência (ou seja, qualquer posição de docente ou de investigação não-doutorada) antes de ser atribuído o prémio K99, nem o prémio K99, nem o prémio R00, serão emitidos.