Subir ao Poder
Em Junho de 1497 o corpo de Giovanni Borgia, a sua garganta cortada, foi encontrado no rio Tiber. Vários partidos podem ter estado envolvidos no misterioso assassinato, mas muitos historiadores consideram Cesare responsável, uma vez que a morte foi de vantagem política para ele. Cesare viu agora a possibilidade de ser dispensado dos seus deveres clericais e de assumir os títulos seculares, riqueza e posição de líder militar dos Borgias e do papado.
Felizmente, o rei espanhol, Fernando V (Fernão de Aragão), opôs-se à prática de libertar um cardeal do seu gabinete para fins políticos. Assim, Alexandre não podia libertar o seu filho sem irritar os espanhóis, os seus protectores contra os franceses. Contudo, em Novembro de 1497, a França e a Espanha chegaram a uma trégua na qual concordaram em dividir Nápoles. Uma vez que a França já não era o inimigo da Espanha, Alexandre podia agora aproximar-se do rei francês para pedir ajuda na busca da libertação de Cesare do cardinalato. Luís XII, que se tornara rei em Abril de 1498 aquando da morte de Carlos, concordou em apoiar a libertação de Cesare em troca da aprovação papal da dissolução do seu casamento. Alexandre acedeu a este pedido e tornou-se assim aliado da França. Em Agosto de 1498 libertou Cesare dos seus escritórios administrativos.
Em Fevereiro de 1499 Louis deu a Cesare o comando de uma companhia de cavalaria francesa. Em Março Cesare casou com Charlotte d’Albret, e em Maio recebeu de Louis o ducado francês de Valentinois e do condado de Diois. Tendo concordado com a divisão franco-espanhola de Nápoles, Louis planeou uma invasão do sul de Itália. Milão situava-se na rota de abastecimento entre a França e Nápoles e era de importância estratégica. Em Setembro de 1499, Cesare comandou a força francesa que capturou Milão e derrotou o seu governante, Lodovico Sforza.
p> Em troca dos seus serviços, Luís XII colocou esta força francesa à sua disposição, e Cesare utilizou-a na sua primeira tentativa de capturar a Romagna para Alexandre. Como todos os papas, Alexandre reivindicou o domínio sobre a Romagna com base na Doação de Pepin (756), que incluía a Romagna. A campanha de Cesare correu bem. Antes de estar concluída, porém, Louis ordenou à força francesa que voltasse a defender Milão de um contra-ataque de Lodovico Sforza, e a invasão da Romagna por Cesare terminou em Janeiro de 1500.