Margaret Rudkin begon in 1937 brood te bakken voor haar jongste zoon Mark, die astma had en allergisch was voor de meeste commercieel verwerkte voedingsmiddelen. De dokter van haar zoon raadde het aan zijn andere patiënten aan en moedigde haar aan om meer brood te bakken. Haar eerste commerciële verkoop was aan haar plaatselijke kruidenier in Fairfield, Conn., Mercurio’s Market. Margaret’s echtgenoot Henry, een makelaar op Wall Street, begon broden mee te nemen naar New York om ze in speciaalzaken te verkopen. Ze verhuisde het groeiende bedrijf uit haar keuken naar haar garage en vervolgens naar een fabriek in 1940. De rantsoenering tijdens de Tweede Wereldoorlog dwong haar de productie te verminderen vanwege de beperkte beschikbaarheid van kwaliteitsingrediënten. In 1947 opende Margaret een moderne commerciële bakkerij in Norwalk, Connecticut, en kort daarna kwamen er fabrieken in Illinois en Pennsylvania bij.
Tijdens een reis naar Europa in de jaren vijftig ontdekte Rudkin chocoladekoekjes waarvan ze dacht dat ze in de Verenigde Staten populair zouden worden. Ze kocht de rechten om ze te produceren en te verkopen, en de Distinctive Cookies lijn was geboren. Onder haar leiding breidde Pepperidge Farm zich verder uit met andere producten, waaronder diepgevroren gebak en later ook de Zwitserse snackcracker Goldfish. In 1961 verkocht ze het bedrijf voor 28 miljoen dollar aan de Campbell Soup Company en werd ze de eerste vrouw in de raad van bestuur van Campbell Soup Company. Op basis van haar kennis en ervaring schreef ze in 1963 The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook, het eerste kookboek ooit dat de New York Times Best Seller-lijst haalde.
Het logo van Pepperidge Farm is gebaseerd op de Grist Mill in Sudbury, Massachusetts, die van 1952 tot 1967 maandelijks 48 ton volkorenmeel aan het bedrijf leverde.