ORF FinderEdit
De ORF Finder (Open Reading Frame Finder) is een grafisch analyse-instrument waarmee alle open reading frames van een selecteerbare minimumgrootte kunnen worden gevonden in een sequentie van een gebruiker of in een sequentie die al in de database aanwezig is. Deze tool identificeert alle open leesramen met behulp van de standaard of alternatieve genetische codes. De afgeleide aminozuursequentie kan in verschillende formaten worden opgeslagen en met de sequentiedatabase worden vergeleken met behulp van de “basic local alignment search tool” (BLAST) server. De ORF Finder zou nuttig moeten zijn bij de voorbereiding van volledige en nauwkeurige sequentie-inzendingen. Het wordt ook geleverd met de Sequin sequentie-indieningssoftware (sequentie-analysator).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator is een programma dat niet alleen informatie geeft over de coderende en niet-coderende sequenties, maar ook een globale paarsgewijze uitlijning van verschillende sequenties van genen/DNA-regio’s kan uitvoeren. Het programma vindt efficiënt de ORF’s voor corresponderende aminozuursequenties en zet ze om in hun eenletterige aminozuurcode, en geeft hun locaties in de sequentie. De paarsgewijze globale uitlijning tussen de sequenties maakt het handig om de verschillende mutaties te detecteren, inclusief enkel nucleotide polymorfisme. Voor de genuitlijning worden Needleman-Wunsch-algoritmen gebruikt. De ORF Investigator is geschreven in de portable programmeertaal Perl, en is daardoor beschikbaar voor gebruikers van alle gangbare besturingssystemen.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor is een webserver die is ontworpen voor het identificeren van eiwit-coderende regio’s in van expressed sequence tag (EST)-afgeleide sequenties. Voor query sequenties met een hit in BLASTX, voorspelt het programma de coderende regio’s op basis van de vertaling leesramen geïdentificeerd in BLASTX alignments, anders voorspelt het de meest waarschijnlijke coderende regio op basis van de intrinsieke signalen van de query sequenties. De output is de voorspelde peptidesequenties in het FASTA-formaat, en een definitieregel die de query-ID, het translation reading frame en de nucleotideposities waar de coderende regio begint en eindigt, bevat. OrfPredictor vergemakkelijkt de annotatie van EST-afgeleide sequenties, met name voor grootschalige EST-projecten.
ORF Predictor gebruikt een combinatie van de twee verschillende ORF-definities die hierboven zijn genoemd. Het zoekt stukken die beginnen met een startcodon en eindigen bij een stopcodon. Als extra criterium zoekt het naar een stopcodon in de 5′ niet-vertaalde regio (UTR of NTR, nontranslated region).
ORFikEdit
ORFik is een R-pakket in Bioconductor voor het vinden van open leesramen en het gebruik van Next generation sequencing-technologieën voor de verantwoording van ORF’s.
orfipyEdit
orfipy is een tool geschreven in Python/Cython om ORF’s te extraheren op een extreem snelle en flexibele manier. orfipy kan werken met plain of gzipped FASTA en FASTQ sequenties, en biedt verschillende opties om ORF zoekopdrachten te finetunen; deze omvatten het specificeren van de start en stop codons, het rapporteren van gedeeltelijke ORF’s, en het gebruik van aangepaste vertaaltabellen. De resultaten kunnen worden opgeslagen in meerdere formaten, waaronder het ruimte-efficiënte BED-formaat. orfipy is vooral sneller voor gegevens die meerdere kleinere FASTA-sequenties bevatten, zoals de-novo transcriptoomassemblages.