Begin richtte zich opnieuw op Libanon, waar hij vastbesloten was de PLO te verslaan. In juli 1981 hadden de Verenigde Staten, uit vrees voor een Israëlisch-Syrische botsing in Libanon, een dubbelzinnig staakt-het-vuren tot stand gebracht, waarin de PLO zware wapens bleef vergaren. Nadat Haig hem had gewaarschuwd niet aan te vallen tenzij er sprake was van een “internationaal erkende provocatie”, gaf Begin in juni 1982 opdracht tot het bombarderen van PLO-posities nadat leden van een PLO-splintergroep hadden gepoogd de ambassadeur van Israël in Groot-Brittannië te vermoorden. De PLO nam wraak met een spervuur van raketten op Israël’s noordelijke grenssteden, waarop Israël een nieuwe invasie van Zuid-Libanon begon. Het Israëlische kabinet gaf toestemming voor een beperkte operatie, en Begin maakte duidelijk dat de IDF-troepen niet verder mochten oprukken dan 40 km voorbij de Libanese grens. Maar Sharon had meer ambitieuze plannen. Zelfs toen de speciale gezant van Reagan, Philip Habib, een Israëlisch-Syrische botsing trachtte te voorkomen, vernietigden Israëlische straaljagers Syrische luchtafweerraketten in Libanon. Deze strategische verrassingsaanval werd gevolgd door een korte maar hevige reeks schermutselingen op de grond en twee dagen luchtgevechten die Syrië zo’n 100 vliegtuigen kostten.
Sharon stuurde de IDF in de richting van Beiroet en ver voorbij de gemandateerde 25-mijlsgrens. Terwijl de Syriërs zich terugtrokken, belegerden Israëlische troepen Arafat en zijn overgebleven PLO-eenheden in de Libanese hoofdstad. De Maronitische Christelijke bondgenoten van Israël, de Phalange Party, traden, tegen de verwachtingen van Sharon in, niet op om de stad te beveiligen, zoals van hen was verwacht, en er ontstond een gevaarlijke patstelling. De pro-Israëlische Haig werd uit zijn ambt gezet, terwijl een verbijsterde en boze Reagan, gesterkt door de Amerikaanse minister van Defensie Caspar Weinberger, een Israëlische terugtrekking nastreefde. Habib, die werkte onder leiding van Haig’s opvolger, George Shultz, slaagde erin een multinationale vredesmacht in Libanon in te zetten die Arafat en een deel van zijn strijdkrachten in staat stelde Beiroet in augustus te evacueren, na een laatste Israëlisch bombardement.
De Libanese christenen waren echter niet gebaat bij de Israëlische acties. Phalange-leider Bashir Gemayel, de nieuwe gekozen president, werd in september vermoord door Syrische agenten, en in de daaropvolgende onlusten lieten de Israëlische troepen de Phalangistische militie toe in twee Palestijnse vluchtelingenkampen, Sabra en Shatila, waar zij honderden mannen, vrouwen en kinderen afslachtten. De multinationale troepenmacht, die na Arafats vertrek snel was teruggetrokken, werd opnieuw ingezet.
Kort voor de bloedbaden had president Reagan een plan aangekondigd voor vrede tussen de Arabische wereld en Israël, waarin de formule van Resolutie 242 nadrukkelijk werd toegepast op de Palestijnse kwestie. Het plan was deels bedoeld om de Arabische woede te sussen en de Jordaanse optie nieuw leven in te blazen, maar het werd verworpen door een Arabische top en fel bestreden door een gealarmeerde Begin. De geplaagde premier had echter niet veel tijd meer. Een officieel Israëlisch onderzoek veroordeelde Sharon wegens nalatigheid bij de massamoorden in de kampen, waardoor hij gedwongen werd af te treden. Treurend over de Israëlische verliezen en de tragische afloop van de operatie, hielden de Israëliërs massale straatdemonstraties tegen de regering Begin.
Onder bemiddeling van de V.S. bereikten Israël en Libanon in mei 1983 een niet-oproer-akkoord en trokken de Israëlische troepen zich terug uit het gebied rond Beiroet. Een zieke Begin, verwoest door de dood van zijn vrouw en de uitkomst van de oorlog, nam in september ontslag en trok zich terug in een teruggetrokken leven, waar hij in 1992 overleed. Hij werd vervangen door Yitzhak Shamir. Op 23 oktober 1983 blies een zelfmoordterrorist van de Libanese Shiʿi-moslimmilitie Hezbollah het hoofdkwartier van de Amerikaanse marine op het vliegveld van Beiroet op, dat deel uitmaakte van de internationale vredesmacht, waarbij 241 doden vielen. Binnen een paar weken begon Reagan met de terugtrekking van de Amerikaanse troepen, en na hun vertrek dwongen de Syriërs en hun lokale bondgenoten Libanon om de overeenkomst met Israël op te zeggen.