In Chicago acteerde hij bij de gerenommeerde Goodman en Steppenwolf theaters. Flynn werd genomineerd voor een Joseph Jefferson Award (Acteur in een hoofdrol, voor The Ballad of the Sad Cafe, 1986). Hij trad ook op bij de Improv Olympic en de Second City Comedy Troupe. In 1998 richtte hij samen met David Koechner het improvisatieteam Beer Shark Mice op, dat in 2015 nog steeds actief was.
Hoewel zijn rol in Scrubs tot dan toe het meest zichtbaar was, had hij andere kleine rollen in een verscheidenheid aan verschillende tv-shows en films, waaronder That ’70s Show, Baby’s Day Out, CSI, My Boys, Seinfeld en Smallville.
In The Fugitive speelt hij een politieagent uit Chicago die wordt vermoord door de eenarmige man, Frederick Sykes (Andreas Katsulas) terwijl hij vecht met Dr. Richard Kimble (Harrison Ford), waardoor de rechercheurs van de Chicago Police Department jacht gaan maken op Ford’s personage. Deze rol werd gebruikt in een subplot van de Scrubs-aflevering “My Friend the Doctor” wanneer J.D. (Zach Braff) Flynn’s personage in de film opmerkt en gelooft dat Flynn’s Janitor personage de acteur in de film is. In 2008 werkte hij weer samen met Harrison Ford, toen hij een verdachte wetshandhaver speelde als FBI-agent Smith in Indiana Jones and the Kingdom of the Crystal Skull.
Flynn had een bijrolletje in Mean Girls als de vader van het personage van Lindsay Lohan. Daarna speelde hij de rol van een anonieme politieagent in Anchorman: The Legend of Ron Burgundy; deze scène werd uit de definitieve versie van de film geknipt, maar is wel te zien in de straight-to-DVD spin-off film Wake Up, Ron Burgundy: The Lost Movie, en in de verwijderde scènes van de Anchorman DVD. Hij had een kleine rol in Major League als arbeider en fan van de Cleveland Indians. Flynn had een rol in Phil Hendrie’s tekenfilmpilot die niet door FOX werd opgepikt. Hij was ook de eerste honkman in de film Rookie of the Year.
Flynn verscheen ooit in een aflevering van The Drew Carey Show, waar hij de nep-echtgenoot speelde van toekomstig Scrubs-medespeelster Christa Miller. Hij was te zien in een aflevering van Seinfeld, waarin hij een politieagent speelde.
ScrubsEdit
Voor Scrubs deed Flynn auditie voor de rol van Dr. Cox, maar kreeg in plaats daarvan de rol van Janitor. Flynn was oorspronkelijk alleen gecast voor de eerste aflevering (“My First Day”), maar hij werd een vaste waarde, en speelde een personage dat alleen bekend staat als de Janitor, die veel van zijn energie besteedde aan het bedreigen van de jonge Dr. John “J.D.” Dorian te bedreigen. Zijn naam wordt niet onthuld in de serie tot de finale van seizoen 8 wanneer, wanneer J.D. er voor het eerst naar vraagt, hij gewoon zegt dat zijn naam Glenn Matthews is. Er wordt ook gespeculeerd dat dit niet waar is om twee redenen: ten eerste, nadat J.D. de opname heeft verlaten, spreekt een verpleger de Janitor aan met “Tommy”; en ten tweede, tijdens het kijken naar The Fugitive met Carla en Danni (Dr. Cox’s schoonzus, gespeeld door Tara Reid) in de seizoen 3 aflevering ‘My Friend The Doctor’, merkt J.D. het personage van de echte Flynn op in de treinscène. Wanneer de Janitor aan het einde van de aflevering bevestigt dat hij in de film meespeelde, speculeerden sommigen dat de Janitor in Scrubs eigenlijk Neil Flynn heette. Flynn was een vaste gast in de eerste acht seizoenen van Scrubs. Toen Scrubs door NBC werd geannuleerd en vervolgens door ABC werd opgepikt, tekende hij een tweede contract van één jaar voor Scrubs seizoen 9, waardoor hij in Scrubs zou kunnen blijven spelen als zijn pilot The Middle niet werd opgepikt. The Middle werd opgepikt, hoewel hij wel een gastrol speelde in de première van seizoen 9 van Scrubs.
The MiddleEdit
Flynn’s langlopende rol, Mike Heck, was te zien in ABC’s The Middle (2009-2018). Het personage had drie kinderen en werkte bij de Orson Limestone Quarry. De familie Heck was een middenklasse gezin in Indiana. In 2017 vierde de serie 200 afleveringen.
Voor zijn werk in The Middle werd Flynn genomineerd voor Beste Bijrol in een komedieserie bij de 6e Critics’ Choice Television Awards.
Voice-over werkEdit
Hij heeft ook stemacteerwerk gedaan voor de animatieserie Buzz Lightyear of Star Command, hoewel hij beter bekend is voor het inspreken van de populaire personages Skidd McMarx en de Loodgieter in de eerste drie Ratchet & Clank games voor de PlayStation 2. Hij maakte ook een gastoptreden in Kim Possible.
Flynn sprak de stem in van het personage Max Flush in het FOX tv-programma Bob’s Burgers in de aflevering “O.T.: The Outside Toilet”.
Sinds 2015 verzorgt hij de stem van Chuck, de pleegvader van het titelpersonage in de DC Comics geanimeerde webserie Vixen.