Meriwether Lewis werd in 1774 geboren in Albemarle County, Virginia; als eerste kind van Lucy Meriwether en William Lewis. Zijn vader stierf in 1779 aan longontsteking, en kort daarna hertrouwde zijn moeder en verhuisde het gezin naar Georgia. Terwijl hij in Georgia woonde, reisde Lewis vaak naar Virginia om het landgoed van zijn familie te beheren. Jaren later, toen Lewis een late tiener was, stierf ook zijn stiefvader, waardoor Lewis achterbleef als gezinshoofd voor zijn moeder en vier broers en zussen.
Lewis meldde zich in 1794 aan bij het Amerikaanse leger, en in 1800 was hij bevorderd tot kapitein. Toen hij in het leger zat raakte hij bevriend met een bevelhebber, William Clark. In 1801 werd hij de persoonlijke secretaris van Thomas Jefferson, nadat Jefferson in 1800 tot President was gekozen. Lewis en Jefferson hadden dicht bij elkaar in Virginia gewoond en waren dus goed bevriend geraakt. Lewis vervulde deze functie tot 1803, toen hij werd geselecteerd om een expeditie naar het Westen te leiden.
Lewis bereidde zich voor op zijn reis door zich te bevoorraden en te studeren bij vooraanstaande wetenschappers. Hij studeerde astronomie bij Andrew Ellicott, plantkunde bij Dr. Benjamin Smith Barton, landmeetkunde en wiskunde bij Robert Patterson, geneeskunde bij Dr. Benjamin Rush, en anatomie bij Dr. Caspar Wistar.
Hij leidde, samen met William Clark, tussen 1804 en 1806 het Corps of Discovery naar de Stille Oceaan. Na hun terugkeer benoemde Jefferson Lewis tot gouverneur van het Louisiana Territory, een post die hij begin maart 1807 begon. Lewis had het moeilijk in deze functie, onder andere door persoonlijkheidsconflicten en vragen over hoe het overheidsgeld werd besteed. Hij begon zwaarder te drinken, en zijn relatie met Jefferson werd steeds gespannener. In 1809 besloot Lewis naar Washington DC te reizen om zijn zaak te bepleiten voor de nieuwe regering. Op 11 oktober 1809, tijdens een verblijf in een herberg in Tennessee langs de Natchez Trace Parkway, schoot Meriwether Lewis zichzelf van het leven.