In zijn eerste “Report of the President” van juni 1866 verzocht Lee de raad van beheer van het Washington College geld beschikbaar te stellen voor de bouw van een grotere kapel. Lee wees erop dat het college een ruimte nodig had die groot genoeg was om de groeiende studentenpopulatie te huisvesten en stelde voor dat de trustees de oude kapelruimte zouden verbouwen tot de broodnodige klaslokalen. Het bestuur benoemde een commissie om de zaak te onderzoeken. Een maand later beval de commissie aan om Lee’s verzoek in te willigen en legde “een door President Lee opgesteld plan” voor. Ander bewijsmateriaal, waaronder een brief uit 1866 van kolonel Thomas Williamson, professor in civiele en militaire techniek aan het Virginia Military Institute, wijst er echter op dat Williamson de architect was, terwijl Lee en zijn zoon Custis Lee als adviseurs fungeerden. Illustraties van John Renwick’s 1847 Smithsonian Institution gebouw, ook bekend als “The Castle”, beïnvloedden Williamson’s delicate Romaanse ontwerp van Lee Chapel sterk. De sierlijk uitlopende toren en hoge tralievensters stonden in schril contrast met de rest van het klassieke Washington College, waar de kapel tegenover een opvallende zuilengalerij staat, en met de gotische VMI-campus.
De kapel, die Lee omschreef als “een aangename en nuttige aanvulling op de gebouwen van het College”, werd ingewijd op de ochtend van 14 juni 1868. Later die middag werden in de kapel de begindienstoefeningen gehouden, waarmee een traditie op het Washington College werd ingeluid. Vanaf het begin van het september semester werd de nieuwe kapel gebruikt voor dagelijkse religieuze diensten en als auditorium. Lee woonde elke ochtend de kapeldienst bij en liep dan naar beneden om in zijn kantoor in de kelder te werken.
Na Lee’s dood koos zijn weduwe de kapel als zijn begrafenisplaats. Een begrafenisstoet bracht zijn stoffelijk overschot naar de kapel op 14 oktober 1870, en cadetten van de VMI verzorgden de hele nacht de erewacht. De begrafenis van Lee vond de volgende ochtend plaats, gevolgd door zijn begrafenis in een met cement beklede bakstenen grafkelder in de kelder van de kapel. Tijdens een ceremonie in de kapel op 19 januari 1872 – Lee’s geboortedag – hield Jubal A. Early een toespraak waarin de voormalige generaal van de Geconfedereerden pleitte voor Lee’s “buitengewone bekwaamheid en moed als militair bevelhebber”. De toespraak werd gehouden in de context van ruzies tussen voormalige Geconfedereerden over wie de schuld had voor de nederlaag van de Geconfedereerden in de Burgeroorlog (en met name de nederlaag bij de Slag om Gettysburg in juli 1863) en was een mijlpaal in het ontstaan van de zogenaamde Lost Cause visie op de oorlog.
Slechts één jaar na zijn dood, in 1871, gaf de Lee Memorial Association Edward Valentine opdracht een levensgroot marmeren beeld te maken. Er werd geen geschikt onderkomen voor gevonden tot 28 juni 1883, toen het Lee Mausoleum en een herdenkingskamer aan de achterkant van de kapel werden ingewijd.
Lee’s tombe en standbeeld werden vanaf het moment van hun creatie vereerd – in overeenstemming met Lee’s status als de ultieme held in de Lost Cause interpretatie van de Burgeroorlog – maar de kapel kreeg pas na de twintigste eeuw erkenning als heiligdom. Discussies over uitbreiding van de kapel in de jaren 1920 hielpen de status van de kapel als een gedenkteken voor het leven en karakter van Lee te verstevigen, maar in plaats daarvan werd de kapel brandvrij gemaakt. Restauratiewerkzaamheden in de jaren 1960 moderniseerden de structuur maar resulteerden in het verlies van veel origineel materiaal. Meer conservatieve renovaties in de jaren 1990 zorgden voor moderne bedrading en voorzieningen terwijl de architectonische integriteit van de kapel behouden bleef. Hoewel de kapel niet meer groot genoeg is om alle studenten te herbergen, blijven de kapel en het bijbehorende terrein dienst doen als locatie voor belangrijke collegiale en burgerlijke evenementen en om de erfenis van haar naamgever in ere te houden.