Margaret Rudkin iniziò a fare il pane nel 1937 per suo figlio minore Mark che aveva l’asma ed era allergico alla maggior parte dei cibi lavorati in commercio. Il medico di suo figlio lo raccomandò agli altri suoi pazienti e la incoraggiò a fare più pane. La sua prima vendita commerciale fu al suo droghiere locale a Fairfield, Conn, Mercurio’s Market. Il marito di Margaret, Henry, un broker di Wall Street, iniziò a portare con sé pagnotte di pane a New York per venderle nei negozi specializzati. Spostò la crescente attività fuori dalla sua cucina e nel suo garage, poi in una fabbrica nel 1940. Il razionamento durante la seconda guerra mondiale la costrinse a ridurre la produzione a causa della limitata disponibilità di ingredienti di qualità. Nel 1947, Margaret aprì una moderna panetteria commerciale a Norwalk, nel Connecticut, e poco dopo aggiunse stabilimenti in Illinois e in Pennsylvania.
In un viaggio in Europa negli anni ’50, Rudkin scoprì dei biscotti al cioccolato che credeva sarebbero stati popolari negli Stati Uniti. Comprò i diritti per produrli e venderli, e nacque la linea Distinctive Cookies. Sotto la sua gestione, Pepperidge Farm continuò ad espandersi in altri prodotti, tra cui articoli di pasticceria congelati e, più tardi, il cracker Goldfish, proveniente dalla Svizzera. Nel 1961, vendette l’azienda alla Campbell Soup Company per 28 milioni di dollari e divenne la prima donna a far parte del suo consiglio di amministrazione. Attinse alla sua conoscenza ed esperienza per scrivere The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook nel 1963, che fu il primo libro di cucina ad entrare nella lista dei Best Seller del New York Times.
Il logo della Pepperidge Farm è basato sul Grist Mill di Sudbury, Massachusetts, che fornì all’azienda 48 tonnellate di farina integrale al mese dal 1952 al 1967.