ORF FinderEdit
L’ORF Finder (Open Reading Frame Finder) è uno strumento di analisi grafica che trova tutti gli open reading frame di una dimensione minima selezionabile nella sequenza di un utente o in una sequenza già presente nel database. Questo strumento identifica tutti i frame di lettura aperti usando i codici genetici standard o alternativi. La sequenza di aminoacidi dedotta può essere salvata in vari formati e cercata nel database delle sequenze usando il server BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). L’ORF Finder dovrebbe essere utile per preparare presentazioni di sequenze complete e accurate. È anche confezionato con il software di presentazione delle sequenze Sequin (analizzatore di sequenze).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator è un programma che non solo fornisce informazioni sulle sequenze codificanti e non codificanti ma può anche eseguire allineamenti globali a coppie di diverse sequenze di geni/regioni di DNA. Lo strumento trova in modo efficiente le ORF per le sequenze di aminoacidi corrispondenti e le converte nel loro codice aminoacidico a lettera singola, e fornisce le loro posizioni nella sequenza. L’allineamento globale a coppie tra le sequenze rende conveniente rilevare le diverse mutazioni, compreso il polimorfismo a singolo nucleotide. Gli algoritmi di Needleman-Wunsch sono usati per l’allineamento dei geni. ORF Investigator è scritto nel linguaggio di programmazione portatile Perl, ed è quindi disponibile per gli utenti di tutti i sistemi operativi comuni.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor è un server web progettato per identificare le regioni codificanti le proteine nelle sequenze derivate dai tag di sequenza espressi (EST). Per le sequenze di query con un riscontro in BLASTX, il programma predice le regioni codificanti basandosi sulle cornici di lettura della traduzione identificate negli allineamenti BLASTX, altrimenti, predice la regione codificante più probabile basandosi sui segnali intrinseci delle sequenze di query. L’output è costituito dalle sequenze peptidiche predette nel formato FASTA e da una linea di definizione che include l’ID della query, il frame di lettura della traduzione e le posizioni nucleotidiche in cui la regione codificante inizia e finisce. OrfPredictor facilita l’annotazione di sequenze derivate da EST, in particolare per progetti EST su larga scala.
ORF Predictor usa una combinazione delle due diverse definizioni ORF menzionate sopra. Cerca i tratti che iniziano con un codone iniziale e terminano con un codone di stop. Come criterio aggiuntivo, cerca un codone di stop nella regione non tradotta 5′ (UTR o NTR, regione non tradotta).
ORFikEdit
ORFik è un pacchetto R in Bioconductor per trovare i frame di lettura aperti e usare le tecnologie di sequenziamento di prossima generazione per giustificare le ORF.
orfipyEdit
orfipy è uno strumento scritto in Python/Cython per estrarre le ORF in modo estremamente veloce e flessibile. orfipy può lavorare con sequenze FASTA e FASTQ semplici o gzippate, e fornisce diverse opzioni per mettere a punto le ricerche di ORF; queste includono la specificazione dei codoni di inizio e di stop, la segnalazione di ORF parziali e l’uso di tabelle di traduzione personalizzate. I risultati possono essere salvati in più formati, compreso il formato BED, efficiente in termini di spazio. orfipy è particolarmente veloce per i dati contenenti più sequenze FASTA più piccole, come gli assemblaggi de-novo del trascrittoma.