Con il marito Jan e altri dipendenti della Opekta (Victor Kugler, Johannes Kleiman e Bep Voskuijl), Miep Gies aiutò a nascondere Otto ed Edith Frank, le loro figlie Margot e Anne, Hermann, Auguste e Peter van Pels e Fritz Pfeffer in diverse stanze al piano superiore dell’edificio degli uffici della società sul Prinsengracht di Amsterdam dal 6 luglio 1942 al 4 agosto 1944. In un’intervista, Gies ha detto che era felice di aiutare le famiglie a nascondersi perché era estremamente preoccupata dopo aver visto cosa stava succedendo agli ebrei di Amsterdam. Ogni giorno vedeva camion carichi di ebrei che si dirigevano verso la stazione ferroviaria, diretti ai campi di concentramento nazisti. Non disse a nessuno, nemmeno ai suoi genitori adottivi, dei clandestini che stava assistendo.
Quando comprava cibo per i clandestini, Gies evitava i sospetti in molti modi: per esempio, visitando diversi fornitori in un giorno. Non portava mai più di quanto potesse contenere una borsa della spesa o di quanto poteva nascondere sotto il cappotto. Per evitare che i lavoratori della Opekta si insospettissero, Gies cercava di non entrare nel nascondiglio durante le ore di lavoro. Anche suo marito l’ha aiutata fornendo le tessere annonarie che aveva ottenuto illegalmente. Visitando regolarmente vari negozi di alimentari e mercati, Gies aveva sviluppato un buon senso della situazione dei rifornimenti.
Nel loro appartamento, vicino alla Merwedeplein dove i Franchi avevano vissuto prima di nascondersi, Gies e suo marito (che apparteneva alla resistenza olandese) nascosero anche uno studente universitario antinazista.
La cattura
La mattina del 4 agosto 1944, seduta alla sua scrivania, Gies, insieme a Voskuijl e Kleiman, fu affrontata da un uomo con una pistola che ordinava: “State fermi! Non muovetevi!”. Le famiglie erano state tradite e la Grüne Polizei arrestò le persone nascoste al 263 di Prinsengracht, così come Kugler e Kleiman. Il giorno dopo, Gies andò all’ufficio della polizia tedesca per cercare di trovare gli arrestati. Offrì del denaro per comprare la loro libertà, ma non ebbe successo. Gies e gli altri aiutanti avrebbero potuto essere giustiziati se fossero stati sorpresi a nascondere degli ebrei; tuttavia, lei non fu arrestata perché l’ufficiale di polizia che venne ad interrogarla era di Vienna, la sua città natale. Lei riconobbe il suo accento e gli disse che avevano la stessa città natale. Lui rimase stupito, poi cominciò a camminare e a imprecare contro di lei, e alla fine decise di lasciarla stare. Gies rimase al sicuro con suo marito ad Amsterdam per tutto il resto della guerra.
Prima che il nascondiglio fosse svuotato dalle autorità, Gies recuperò i diari di Anne Frank e li mise da parte nel cassetto della sua scrivania. Era decisa a restituirli ad Anne. Dopo la fine della guerra e la conferma che Anne Frank era morta a Bergen-Belsen, Gies consegnò la collezione di carte e quaderni all’unico superstite dell’Alloggio segreto, Otto Frank. Dopo aver trascritto alcune sezioni per la sua famiglia, l’abilità letteraria della figlia divenne evidente ed egli organizzò la pubblicazione del libro nel 1947. La Gies non lesse i diari prima di consegnarli a Otto e più tardi disse che se l’avesse fatto avrebbe dovuto distruggerli perché i fogli contenevano i nomi di tutti e cinque gli aiutanti e dei loro fornitori del mercato nero. Otto Frank la convinse a leggere il diario nella sua seconda stampa. Nel 1947 Miep e Jan Gies si trasferirono in Jekerstraat 65, presso la Merwedeplein, insieme a Otto Frank.
Gies fu intervistata sui suoi ricordi relativi all’occultamento della famiglia Frank per il film documentario del 1995 Anne Frank Remembered di Jon Blair.