Nel suo primo “Rapporto del Presidente” datato giugno 1866, Lee chiese che il consiglio di amministrazione del Washington College si appropriasse dei fondi per costruire una cappella più grande. Lee fece notare che il college aveva bisogno di uno spazio abbastanza grande per ospitare il crescente corpo studentesco e suggerì che gli amministratori convertissero la vecchia stanza della cappella in aule molto necessarie. Il consiglio ha assegnato un comitato per indagare sulla questione. Un mese dopo, il comitato raccomandò di approvare la richiesta di Lee e presentò “un piano preparato dal presidente Lee”. Altre prove, tuttavia, compresa una lettera del 1866 del colonnello Thomas Williamson, il professore di ingegneria civile e militare del Virginia Military Institute, indicano che Williamson era l’architetto, mentre Lee e suo figlio Custis Lee servirono come consulenti. Le illustrazioni dell’edificio Smithsonian Institution di John Renwick del 1847, conosciuto anche come “The Castle”, influenzarono fortemente il delicato design romanico della Lee Chapel di Williamson. La sua torre graziosamente svasata e le alte finestre a traliccio erano in netto contrasto con il resto del classico Washington College, il cui caratteristico colonnato si affaccia, e il campus gotico VMI.
La cappella, che Lee descrisse come “una piacevole e utile aggiunta agli edifici del College”, fu dedicata la mattina del 14 giugno 1868. Più tardi, nel pomeriggio, inaugurando una tradizione del Washington College, gli esercizi di commencement si tennero all’interno della cappella. Con l’inizio del trimestre di settembre, la nuova cappella fu usata per le funzioni religiose quotidiane e come auditorium. Lee assisteva alla funzione religiosa ogni mattina e poi scendeva le scale per lavorare nel suo ufficio nel seminterrato.
Dopo la morte di Lee, la sua vedova scelse la cappella come luogo di sepoltura. Un corteo funebre portò i suoi resti alla cappella il 14 ottobre 1870, e i cadetti della VMI fecero la guardia d’onore per tutta la notte. Il funerale di Lee si tenne la mattina successiva, seguito dalla sua sepoltura in una volta di mattoni rivestita di cemento nel seminterrato della cappella. Una cerimonia nella cappella il 19 gennaio 1872 – il compleanno di Lee – presentò un discorso di Jubal A. Early in cui l’ex generale confederato sosteneva la “meravigliosa abilità e audacia di Lee come comandante militare”. Il discorso fu pronunciato nel contesto delle discussioni tra gli ex confederati su chi fosse da biasimare per la sconfitta confederata nella guerra civile (e specialmente la sconfitta nella battaglia di Gettysburg nel luglio 1863) e fu un evento di riferimento nella creazione della cosiddetta visione della causa persa della guerra.
Solo un anno dopo la sua morte, nel 1871, la Lee Memorial Association commissionò una statua di marmo a grandezza naturale a Edward Valentine. Non fu trovata una sede adatta fino al 28 giugno 1883, quando il Lee Mausoleum e una stanza commemorativa furono dedicati sul retro della cappella.
La tomba e la statua di Lee furono venerate dal momento della loro creazione – in linea con lo status di Lee come eroe finale nell’interpretazione della causa persa della guerra civile – ma la cappella ottenne il riconoscimento come santuario sacro solo dopo la fine del ventesimo secolo. La discussione sull’ampliamento della cappella negli anni ’20 contribuì a solidificare il suo status di monumento alla vita e al carattere di Lee, ma la cappella fu invece incendiata. I lavori di restauro negli anni ’60 hanno aggiornato la struttura, ma hanno portato alla perdita di molto materiale originale. Rinnovamenti più conservativi negli anni ’90 hanno fornito cablaggi e servizi moderni pur proteggendo l’integrità architettonica della cappella. Anche se non è più abbastanza grande da ospitare l’intero corpo studentesco, la cappella e il suo terreno continuano a servire come sito per importanti eventi collegiali e civili, e per onorare l’eredità del suo omonimo.