La cromatografia su carta è un metodo per testare la purezza dei composti e identificare le sostanze. La cromatografia su carta è una tecnica utile perché è relativamente veloce e richiede solo piccole quantità di materiale. Le separazioni nella cromatografia su carta coinvolgono il principio della partizione. Nella cromatografia su carta, le sostanze sono distribuite tra una fase stazionaria e una fase mobile. La fase stazionaria è l’acqua intrappolata tra le fibre di cellulosa della carta. La fase mobile è una soluzione di sviluppo che risale la fase stazionaria, portando con sé i campioni. I componenti del campione si separeranno prontamente a seconda di quanto fortemente adsorbono sulla fase stazionaria rispetto a quanto prontamente si dissolvono nella fase mobile.
Quando un campione chimico colorato è posto su una carta da filtro, i colori si separano dal campione mettendo un’estremità della carta in un solvente. Il solvente si diffonde lungo la carta, dissolvendo le varie molecole del campione secondo le polarità delle molecole e del solvente. Se il campione contiene più di un colore, significa che deve avere più di un tipo di molecola. A causa delle diverse strutture chimiche di ogni tipo di molecola, è molto probabile che ogni molecola abbia almeno una polarità leggermente diversa, dando ad ogni molecola una diversa solubilità nel solvente. La solubilità ineguale fa sì che le varie molecole di colore lascino la soluzione in punti diversi mentre il solvente continua a risalire la carta. Più una molecola è solubile, più in alto migrerà sulla carta. Se una sostanza chimica è molto non polare, non si dissolverà affatto in un solvente molto polare. Questo è lo stesso per una sostanza chimica molto polare e un solvente molto non polare.
È molto importante notare che quando si usa l’acqua (una sostanza molto polare) come solvente, più il colore è polare, più in alto salirà sulla carta.