De serie ging op 5 april 2009 in première op het anime-blok van MBS-TBS op zondag 17:00 uur JST. Stemactrices Romi Park en Rie Kugimiya hernamen hun rollen als respectievelijk Edward en Alphonse Elric. In tegenstelling tot de eerste anime die een grotendeels origineel verhaal had, volgt de tweede anime getrouw het verhaal van de manga. In Japan heeft de tweede anime dezelfde titel als de eerste anime en is er geen ondertitel om onderscheid te maken dat het beide aparte series zijn, met uitzondering van de nadruk op de Engelse titel voor de tweede anime.
Op 20 maart 2009 werd aangekondigd dat de officiële Engelse titel van de serie Fullmetal Alchemist: Brotherhood en dat het zijn Engelstalige première zou krijgen op Animax Asia, met Japanse audio en Engelse ondertiteling, op 10 april 2009 om 20.30 uur. Aniplex begon met het uitbrengen van de serie op Blu-ray en DVD op 26 augustus 2009; de eerste uitgave bevatte twee afleveringen en een OVA. De eerste uitgave bevatte twee afleveringen en een OVA. In het vijfde en negende deel zaten nog twee OVA’s, naast vier afleveringen. Andere delen bevatten vier afleveringen en geen OVA. Er werden zestien volumes uitgebracht, de laatste op 24 november 2010.
Op 3 april 2009 kondigde Funimation aan dat het de Engels-ondertitelde afleveringen zou streamen, vier dagen nadat ze in Japan waren uitgezonden. Madman Entertainment zou deze ook streamen “binnen enkele dagen” nadat de afleveringen in Japan waren uitgezonden. Funimation schortte de release van nieuwe afleveringen een paar weken op vanwege een incident waarbij een aflevering van One Piece werd geüpload voordat deze in Japan was uitgezonden. De afleveringen werden echter later beschikbaar gemaakt op de Funimation website en op het officiële Funimation kanaal op YouTube. In september 2009 kondigde Funimation de cast aan voor een Engelse dub van de serie, waarin een groot deel van de cast van de dub van de serie uit 2003 hun rollen opnieuw vertolkten. Op 13 februari 2010 ging de Engelse dub van de serie in première op Adult Swim en eindigde op 25 september 2011. Funimation begon met het uitbrengen van de afleveringen op Blu-ray en DVD op 25 mei 2010; elke uitgave bevatte dertien afleveringen. Er werden vijf volumes uitgebracht, de laatste op 2 augustus 2011. In het Verenigd Koninkrijk bracht Manga Entertainment de serie uit in vijf dvd- en Blu-ray volumes in 2010 en 2011, en later in een tweedelige boxset. Funimation verloor de rechten op de serie in maart 2016. In juli 2016 werd aangekondigd dat de serie werd overgedragen aan Aniplex of America en het zou worden gestreamd op Crunchyroll. Netflix bracht de serie op 1 januari 2018 uit op hun streamingplatform in de Verenigde Staten en Canada. Aniplex of America bracht de serie uit op twee Blu-ray Disc boxsets op 20 november 2018. In november 2019 heeft Funimation de serie opnieuw in licentie gegeven voor zijn streamingdienst.
Madman Entertainment distribueerde de serie in Australië. Ondertussen debuteerde de serie in Canada op Super Channel.
FilmEdit
Na de laatste aflevering van Brotherhood, werd een nieuwe film aangekondigd. Een teaser trailer begon te streamen in november 2010 op de Fullmetal Alchemist: Brotherhood officiële site, die bevestigde dat een film getiteld Fullmetal Alchemist: The Sacred Star of Milos in juli 2011 in Japan in première zou gaan. De film is geregisseerd door Kazuya Murata en het script is van Yūichi Shinpo. De film volgt de pogingen van de Elrics om een crimineel in een ander land te vangen. Funimation gaf de film een licentie en bracht hem in januari 2012 uit in geselecteerde bioscopen in de Verenigde Staten, en op 24 april 2012 op dvd en Blu-ray.
Muziek en soundtracksEdit
De muziekcomponist van Brotherhood is Akira Senju. De eerste CD soundtrack van deze anime werd gepubliceerd op 14 oktober 2009. De tweede CD soundtrack van de anime werd gepubliceerd op 24 maart 2010. De derde CD soundtrack kwam beschikbaar op 7 juli 2010. Fullmetal Alchemist Final Best, een compilatie van openings- en slotnummers, werd uitgebracht op 28 juli 2010. Op 29 juni 2011 werd de originele soundtrack van Fullmetal Alchemist: The Sacred Star of Milos (FULLMETAL ALCHEMIST Nageki no Oka no Seinaru Hoshi), gecomponeerd door Taro Iwashiro, uitgebracht.
De respectievelijke openings- en slotthema’s voor de eerste 14 afleveringen zijn “Again” door Yui en “Uso” (嘘, lit. “Lie”) door Sid.Van episode 15-26, zijn de respectievelijke openings- en eindthema’s “Hologram” door Nico Touches the Walls en “Let It Out” door Miho Fukuhara.Van episode 27-38, zijn de respectievelijke openings- en eindthema’s “Golden Time Lover” door Sukima Switch en “Tsunaida Te” (つないだ手, lit. “Van episode 39-50, zijn de respectievelijke openings- en slotthema’s “Period” door Chemistry en “Shunkan Sentimental” (瞬間センチメンタル, Shunkan Senchimentaru, lit. “Sentimental Moment”) door Scandal.Van afleveringen 51-62 zijn de respectievelijke openings- en slotthema’s “Rain” (レイン, Rein) van Sid en “Ray of Light” van Shoko Nakagawa. Afleveringen 63 en 64 gebruiken geen openingsthema’s, maar wel “Rain” en “Hologram”, respectievelijk, voor de eindes.