Le siphon inhalant sert à absorber la nourriture et l’eau, et le siphon exhalant expulse les déchets et l’eau.
La tunique est une enveloppe épaisse, généralement opaque, qui protège leur corps en forme de tonneau des prédateurs. Elle est constituée d’un matériau très similaire à la cellulose. Sur la surface interne de la tunique se trouve un mince épiderme, c’est lui qui sécrète la tunique. A l’intérieur de l’épiderme se trouve un derme plus épais (paroi du corps) et des bandes de muscles qui peuvent comprimer la tunique en forçant un jet d’eau du siphon exhalant.
La majeure partie de l’espace du corps de l’ascidie est occupée par l’atrium (une grande cavité). Celle-ci contient le pharynx élargi, dont les parois présentent un grand nombre de petits pores ou fentes par lesquels l’eau peut passer. Il est relié au système digestif à une extrémité et au siphon inhalant à l’autre, c’est effectivement la bouche de l’animal.
Le pharynx de l’ascidie est recouvert de minuscules poils (cellules ciliées) qui permettent à la nourriture consommée de descendre jusqu’à l’œsophage. Le système digestif est en forme de U, l’anus se vidant directement à l’extérieur.
Les tuniciers sont des filtreurs, se nourrissant en aspirant souvent des centaines de litres d’eau chaque jour par le siphon inhalant. Cette eau passe par le pharynx où les petites particules sont filtrées avant que l’eau ne soit expulsée par le siphon exhalant. Le courant d’eau est provoqué par le battement des cils. L’eau peut également être poussée hors de la cavité auriculaire par des contractions musculaires de la tunique si le tunicier est menacé. Les petites particules de plancton, etc., sont piégées sur une couche de mucus en mouvement permanent. Ce mucus est libéré par des cellules spéciales et est déplacé à la surface du pharynx par le battement de nombreux petits cils, jusqu’à ce qu’il passe dans le système digestif où les particules alimentaires et le mucus sont digérés.
Les particules de plancton et le mucus sont évacués par le système digestif.