Margaret Rudkin a commencé à faire du pain en 1937 pour son plus jeune fils Mark qui souffrait d’asthme et était allergique à la plupart des aliments transformés du commerce. Le médecin de son fils l’a recommandé à ses autres patients et l’a encouragée à faire plus de pain. Sa première vente commerciale a été faite à l’épicerie locale de Fairfield (Conn.), Mercurio’s Market. Henry, le mari de Margaret, courtier à Wall Street, commence à emporter des miches de pain à New York pour les vendre dans des magasins spécialisés. Elle a transféré l’entreprise en pleine expansion de sa cuisine à son garage, puis à une usine en 1940. Le rationnement pendant la Seconde Guerre mondiale l’oblige à réduire la production en raison de la disponibilité restreinte d’ingrédients de qualité. En 1947, Margaret ouvre une boulangerie commerciale moderne à Norwalk, dans le Connecticut, et ajoute peu après des usines dans l’Illinois et en Pennsylvanie.
Lors d’un voyage en Europe dans les années 1950, Mme Rudkin découvre des biscuits fantaisie au chocolat qui, selon elle, seraient populaires aux États-Unis. Elle a acheté les droits pour les produire et les vendre, et la ligne Distinctive Cookies était née. Sous sa direction, Pepperidge Farm continue de s’étendre à d’autres produits, notamment les pâtisseries surgelées et, plus tard, les biscuits apéritifs Goldfish de Suisse. En 1961, elle vend l’entreprise à la Campbell Soup Company pour 28 millions de dollars et devient la première femme à siéger à son conseil d’administration. Elle s’est appuyée sur ses connaissances et son expérience pour écrire The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook en 1963, qui fut le tout premier livre de cuisine à figurer sur la liste des meilleures ventes du New York Times.
Le logo de Pepperidge Farm est basé sur le moulin Grist Mill de Sudbury, dans le Massachusetts, qui a fourni à l’entreprise 48 tonnes de farine de blé entier par mois de 1952 à 1967.