Les pains germés contiennent le grain entier germé (l’amande, ou baie) de diverses graines. Ils se distinguent du pain blanc dans la mesure où les pains blancs sont fabriqués à partir de l’endosperme du blé moulu (après élimination du son et du germe). Les pains complets comprennent le son, le germe et l’endosperme, et fournissent donc davantage de fibres, de vitamines et de protéines d’origine naturelle. Les pains de céréales germées (ou germinées) contiennent à peu près la même quantité de vitamines par gramme. Le pain aux grains germés contient 47 % moins de gluten que le pain ordinaire.
Une comparaison des analyses nutritionnelles montre que les grains germés contiennent environ 75 % des glucides, un peu plus de protéines et environ 40 % des graisses par rapport aux grains entiers.
En plus du blé, les pains germés peuvent contenir des céréales et des légumineuses comme le millet, l’orge, l’avoine, la lentille et le soja. Un pain fabriqué à partir d’un éventail de céréales et de légumineuses peut fournir un ensemble complet d’acides aminés, les éléments constitutifs des protéines. Les pains germés peuvent contenir un peu plus d’oligo-éléments et de nutriments que les pains non germés. À part cela, ils fournissent à peu près les mêmes avantages que les pains de grains entiers par rapport aux pains de grains raffinés, comme la diminution du risque de maladies coronariennes.