Les anaérobies ont été trouvés dans des infections dans tout le corps humain. La fréquence de récupération de l’hôte ou du patient dépend de l’emploi de méthodes appropriées de collecte des échantillons, de leur transport au laboratoire de microbiologie et de leur culture. La récupération des organismes dépend du site de l’infection et est liée à la flore microbienne des muqueuses adjacentes.
Système nerveux centralEdit
Les anaérobies sont capables de provoquer tous les types d’infections intracrâniennes. Ils provoquent souvent des empyèmes sous-duraux, et des abcès cérébraux, et rarement des abcès épiduraux et des méningites. L’origine de l’abcès cérébral est généralement une infection chronique adjacente de l’oreille, de la mastoïde ou des sinus, de l’oropharynx, des dents ou des poumons. Les infections de la mastoïde et de l’oreille évoluent généralement vers le lobe temporal ou le cervelet, tandis que la sinusite faciale provoque fréquemment un abcès du lobe frontal. La propagation hématogène de l’infection dans le SNC se produit souvent après une infection oropharyngée, dentaire ou pulmonaire. Peu fréquemment, une bactériémie provenant d’une autre localisation ou une endocardite peuvent également provoquer une infection intracrânienne.
La méningite due à des bactéries anaérobies est peu fréquente et peut suivre une infection des voies respiratoires ou compliquer une dérivation du liquide céphalorachidien. Les infections de shunt neurologique sont souvent causées par des bactéries de la peau telles que Cutibacterium acnes, ou dans les cas de shunts ventriculo-péritonéaux qui perforent l’intestin, par des anaérobies d’origine entérique (c’est-à-dire Bacteroides fragilis).Clostridium perfringens peut être à l’origine d’abcès cérébraux et de méningites après une chirurgie intracrânienne ou un traumatisme crânien.
Les anaérobies souvent isolés des abcès cérébraux compliquant les infections respiratoires et dentaires sont des bacilles anaérobies à Gram négatif (AGNB, dont Prevotella, Porphyromonas, Bacteroides), Fusobacterium et Peptostreptococcus spp. Les streptocoques microaérophiles et autres sont également souvent isolés. Les actinomyces sont rarement isolés.
Au stade de l’encéphalite, le traitement antimicrobien et l’utilisation de mesures visant à diminuer l’augmentation de la pression intracrânienne peuvent prévenir la formation d’un abcès intracrânien Cependant, après l’émergence d’un abcès, une ablation ou un drainage chirurgical peut être nécessaire, ainsi qu’un traitement antimicrobien prolongé (4-8 semaines). Certains préconisent un drainage complet de l’abcès intracrânien, tandis que d’autres ont recours à des aspirations répétées de l’abcès, Les aspirations répétées d’un abcès sont préférables chez ceux qui ont des abcès multiples ou lorsque l’abcès est situé dans un site cérébral prédominant. L’administration d’antimicrobiens à forte dose pendant une période prolongée peut offrir une stratégie de traitement alternative chez ce type de patients et peut se substituer à l’évacuation chirurgicale d’un abcès.
En raison de la faible pénétration de nombreux agents antimicrobiens à travers la barrière hémato-encéphalique, il existe peu d’agents disponibles pour le traitement des infections intracrâniennes. Les antimicrobiens ayant une bonne pénétration intracrânienne sont le métronidazole, le chloramphénicol, les pénicillines et le méropénème. De manière optimale, le choix de l’antimicrobien se fait en fonction des isolats récupérés et de leur sensibilité aux antimicrobiens. Une amélioration substantielle du taux de survie des patients a eu lieu après l’introduction de la tomodensitométrie (CT) et d’autres scanners et l’utilisation de la thérapie au métronidazole.
Infections des voies respiratoires supérieures et de la tête et du couEdit
Les anaérobies peuvent être isolées de la plupart des types d’infections des voies respiratoires supérieures et de la tête et du cou, et sont particulièrement fréquentes dans les infections chroniques. Il s’agit notamment des abcès amygdaliens, péri-tuberculeux et rétropharyngés, des otites moyennes chroniques, des sinusites et mastoïdites, des infections oculaires), de toutes les infections profondes de l’espace du cou, des parotidites, des sialadénites, des thyroïdites, des infections odontogènes et des plaies et abcès post-chirurgicaux et non chirurgicaux de la tête et du cou…, Les organismes prédominants sont d’origine de la flore oropharyngée et comprennent AGNB, Fusobacterium et Peptostreptococcus spp.
Les anaérobies concernent presque toutes les infections dentaires. Il s’agit notamment des abcès dentaires, des pulpites endodontales et des infections parodontales (gingivites et parodontites), ainsi que des infections de l’espace périmandibulaire. Les pulpites peuvent conduire à la formation d’abcès et s’étendre éventuellement à la mandibule et aux autres espaces du cou. Outre les bactéries anaérobies strictes, des streptocoques microaérophiles et Streptococcus salivarius peuvent également être présents.
Fusobacterium spp. et les spirochètes anaérobies sont souvent la cause de la gingivite ulcérative nécrosante aiguë (ou angine de Vincent) qui est une forme distincte de gingivite ulcérative.
Les infections profondes du cou qui se développent à la suite d’infections buccales, dentaires et pharyngées sont généralement de nature polymicrobienne. Il s’agit notamment de l’extension d’une cellulite ou d’un abcès rétropharyngé, d’une médiastinite consécutive à une perforation de l’œsophage et d’un abcès dentaire ou parodontal.
Influences pulmonairesModifier
Chez les adultes, la source la plus fréquente de pneumonie par aspiration est l’aspiration de sécrétions oropharyngées ou du contenu gastrique. Chez les enfants, la cause la plus fréquente est l’aspiration de liquide amniotique infecté, ou de sécrétions vaginales. Les maladies parodontales ou gingivales sévères sont des facteurs de risque importants pour l’établissement d’une infection pleuropulmonaire anaérobie. L’infection peut évoluer d’une pneumonie vers une pneumonie nécrosante et un abcès pulmonaire, avec ou sans développement d’un empyème. L’infection est souvent de nature polymicrobienne et les isolats de l’infection communautaire (dans 60 à 80 % des cas) sont des aérobies et des anaérobies appartenant à la flore oropharyngée de l’individu. Les bactéries anaérobies couramment retrouvées sont Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium et Peptostreptococcus spp. et les bactéries aérobies sont des streptocoques bêta-hémolytiques et microaérophiles. Les bactéries anaérobies peuvent également être isolées chez environ 35 % des personnes souffrant de pneumonie d’aspiration acquise par voie nosocomiale et de pneumonie associée à une trachéotomie avec ou sans ventilation mécanique, où elles sont souvent isolées avec des Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp. et Staphylococcus aureus. Il est important que les prélèvements soient obtenus selon une méthode qui évite leur contamination par la microflore buccale.
Infections abdominalesEdit
La péritonite secondaire et les abcès intra-abdominaux, y compris les abcès spléniques et hépatiques, se produisent généralement en raison de l’entrée de micro-organismes entériques dans la cavité péritonéale à travers un défaut de la paroi de l’intestin ou d’un autre viscère à la suite d’une obstruction, d’un infarctus ou d’un traumatisme direct. L’appendicite perforée, la diverticulite, les maladies inflammatoires de l’intestin avec perforation et la chirurgie gastro-intestinale sont souvent associées à des infections polymicrobiennes causées par des bactéries aérobies et anaérobies, où le nombre d’isolats peut atteindre 12 en moyenne (les deux tiers sont généralement des anaérobies). Les bactéries aérobies et facultatives les plus courantes sont Escherichia coli, Streptococcus spp. (y compris Enterococcus spp.), et les bactéries anaérobies les plus fréquemment isolées sont le groupe B. fragilis, Peptostreptococcus spp, et Clostridium spp.
Les infections abdominales sont typiquement biphasiques : un stade initial de péritonite généralisée associée à une septicémie à Escherichia coli, et un stade ultérieur, dans lequel émergent des abcès intra-abdominaux abritant des bactéries anaérobies ( y compris le groupe B. fragilis ).
Les manifestations cliniques de la péritonite secondaire sont le reflet du processus pathologique sous-jacent. La fièvre, les douleurs abdominales diffuses, les nausées et les vomissements sont fréquents. L’examen physique montre généralement des signes d’inflammation péritonéale, comme une sensibilité au rebond, une rigidité de la paroi abdominale et une diminution des bruits intestinaux. Ces premiers résultats peuvent être suivis de signes et de symptômes de choc.
L’infection des voies biliaires est généralement causée par E. coli, Klebsiella et Enterococcus spp. Les anaérobies (principalement le groupe B. fragilis, et rarement C. perfringens) peuvent être retrouvés dans les infections compliquées associées à un carcinome, une infection récurrente, une obstruction, une chirurgie ou une manipulation des voies biliaires.
Les études de laboratoire montrent une numération leucocytaire sanguine élevée et une prédominance des formes polymorphonucléaires. Les études radiographiques peuvent montrer de l’air libre dans la cavité péritonéale, des signes d’iléus ou d’obstruction et une oblitération de l’ombre du psoas. L’échographie diagnostique, le gallium et le scanner peuvent détecter des abcès appendiculaires ou d’autres abcès intra-abdominaux. Des infections de plaies postopératoires polymicrobiennes peuvent survenir.
Le traitement des infections abdominales mixtes aérobies et anaérobies nécessite l’utilisation d’antimicrobiens efficaces contre les deux composants de l’infection ainsi que la correction chirurgicale et le drainage du pus. Les abcès simples et facilement accessibles peuvent être drainés par voie percutanée.
Infections génitales fémininesModification
Les infections des voies génitales féminines causées par des bactéries anaérobies sont polymicrobiennes et comprennent : les abcès des tissus mous du périnée, de la vulve et de la glande de Bartholin ; la vaginose bactérienne ; l’endométrite ; le pyomètre ; la salpingite ; l’abcès annexiels ; les abcès tubo-ovariens ; l’infection associée au dispositif contraceptif intra-utérin ; la maladie inflammatoire pelvienne, qui peut inclure une cellulite et un abcès pelviens ; l’amnionite ; la thrombophlébite pelvienne septique ; l’avortement septique ; et les infections obstétricales et gynécologiques post-chirurgicales., Il est essentiel d’obtenir des cultures microbiologiques adéquates. Il est important d’éviter de contaminer la culture avec la flore génitale normale. Les méthodes qui peuvent assurer des cultures adéquates sont la laparoscopie, la culdocentèse ou l’obtention de cultures endométriales quantitatives employant un cathéter télescopique.
Les anaérobies souvent retrouvés incluent Prevotella bivia, Prevotella disiens, et Peptostreptococcus, Porphyromonas et Clostridium spp. Le groupe Bacteroides fragilis est rarement retrouvé dans ces infections par rapport à l’infection intra-abdominale. Actinomyces spp. et Eubacterium nodatum sont souvent retrouvés dans les infections associées aux dispositifs intra-utérins. Mobiluncus spp. peut être associé à une vaginose bactérienne. Les bactéries aérobies que l’on trouve également mélangées à ces bactéries anaérobies comprennent les Enterobacteriaceae, Streptococcus spp. (y compris les groupes A et B), Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia spp. et Mycoplasma hominis. La présence de gaz libre dans les tissus, la formation d’abcès et des écoulements malodorants sont généralement associés à la présence de bactéries anaérobies. Le traitement de ces infections comprend l’utilisation d’antimicrobiens actifs contre tous les agents pathogènes bactériens aérobies et anaérobies potentiels. Des antimicrobiens contre les agents pathogènes sexuellement transmissibles doivent également être administrés.
Infections de la peau et des tissus mousModification
Les infections qui impliquent fréquemment des bactéries anaérobies comprennent les infections superficielles, notamment les paronychies infectées, les morsures humaines ou animales infectées, les ulcères cutanés, la cellulite, la pyodermite et l’hidradénite suppurée. Les sites infectés secondaires comprennent l’érythème fessier infecté, les plaies du site de gastrostomie ou de trachéotomie, les infections de la gale ou du kérion, l’eczéma, le psoriasis, l’herbe à puce, la dermatite atopique, l’eczéma herpétique, les kystes sébacés ou d’inclusion sous-cutanés infectés et l’infection des plaies post-chirurgicales.
L’implication de la peau dans les infections du tissu sous-cutané comprend : les abcès cutanés et sous-cutanés, l’abcès du sein, les ulcères de décubitus, le kyste pilonidal ou le sinus infecté, l’ulcère de Meleney infecté, les ulcères diabétiques (vasculaires ou trophiques), la plaie par morsure, la cellulite anaérobie et la gangrène gazeuse, la gangrène synergique bactérienne et l’infection de la plaie par brûlure. Les infections anaérobies plus profondes des tissus mous sont la fasciite nécrosante, la cellulite synergique nécrosante, la gangrène gazeuse et la cellulite crépitante. Celles-ci peuvent toucher le fascia ainsi que le muscle entouré par le fascia, et peuvent également induire une myosite et une myonécrose.
Les isolats trouvés dans les infections des tissus mous peuvent varier en fonction du type d’infection. La localisation de l’infection et les circonstances à l’origine de l’infection peuvent également influencer la nature des micro-organismes retrouvés. Les bactéries qui sont membres de la « flore normale » de la région de l’infection sont souvent aussi isolées des lésions impliquant des bactéries anaérobies.
Les spécimens obtenus à partir de plaies et d’infections des tissus sous-cutanés et d’abcès dans la région rectale (abcès périrectal, ulcère de décubitus) ou qui sont d’origine de la flore intestinale(c’est-à-dire l’infection du pied diabétique) pour donner souvent des organismes de la flore colique. Il s’agit généralement du groupe B. fragilis, de Clostridium spp, d’Enterobacteriaceae et d’Enterococcus spp. D’autre part, les infections dans et autour de l’oropharynx, ou les infections qui proviennent de cet endroit, contiennent fréquemment des organismes de la flore buccale (i.e. paronychie, morsures, abcès du sein). Ces bactéries comprennent les Prevotella et Porphyromonas pigmentées, Fusobacterium et Peptostreptococcus spp. Les organismes de la flore cutanée tels que S. aureus et Streptococcus spp. ou les micro-organismes acquis par voie nosocomiale peuvent être retrouvés à tous les endroits du corps. Les infections par morsure humaine contiennent souvent Eikenella spp. et les morsures d’animaux hébergent Pasteurella multocida en plus de la flore buccale,
Les infections à anaérobies sont souvent de nature polymicrobienne, et parfois (c’est-à-dire les ulcères de décubitus, l’ulcère du pied diabétique) elles se compliquent de bactériémie et ou d’ostéomyélite . Les infections des tissus profonds (cellulite nécrosante, fasciite et myosite) comprennent souvent Clostridium spp. et S. pyogenes ou des combinaisons polymicrobiennes de bactéries aérobies et anaérobies. On trouve souvent du gaz dans les tissus et du pus putride de qualité grise et mince dans ces infections, et elles sont fréquemment associées à une bactériémie et à un taux de mortalité élevé.
Le traitement des infections profondes des tissus mous comprend : une prise en charge chirurgicale vigoureuse qui inclut un débridement chirurgical et un drainage. Même s’il n’y a pas d’études contrôlées qui soutiennent cette approche l’amélioration de l’oxygénation des tissus impliqués par l’amélioration de l’approvisionnement en sang et l’administration d’oxygène hyperbare, en particulier dans l’infection clostridiale, peut être utile.
Ostéomyélite et arthrite septiqueEdit
On trouve souvent des bactéries anaérobies dans l’ostéomyélite des os longs, en particulier après un traumatisme et une fracture, l’ostéomyélite associée à une maladie vasculaire périphérique, et les ulcères de décubitus et l’ostéomyélite des os de la face et du crâne. Beaucoup de ces infections osseuses sont de nature polymicrobienne.
L’ostéomyélite anaérobie des os du crâne et de la face a souvent pour origine la propagation de l’infection à partir d’une source contiguë de tissus mous ou d’une infection dentaire, sinusale ou auriculaire. La forte concentration de bactéries anaérobies dans la cavité buccale explique leur importance dans les infections des os crâniens et faciaux. Le nombre élevé d’anaérobies intestinaux dans l’ostéomyélite pelvienne est généralement dû à leur propagation à partir des sites d’ulcères de décubitus. Les organismes anaérobies de l’ostéomyélite associée à une maladie vasculaire périphérique atteignent généralement l’os à partir des ulcères des tissus mous adjacents. L’ostéomyélite des os longs est souvent causée par un traumatisme, une propagation hématogène ou la présence d’une prothèse.
Peptostreptococcus et Bacteroides spp. sont les isolats les plus fréquemment retrouvés lors de toutes les infections osseuses, y compris celles causées par des morsures et une infection crânienne. Les Prevotella et Porphyromonas spp. pigmentées sont particulièrement fréquentes dans les infections des os des morsures et du crâne, tandis que les membres du groupe B. fragilis sont souvent trouvés dans les maladies vasculaires ou les neuropathies. Fusobacterium spp., qui appartient à la microflore buccale, est le plus souvent isolé des morsures et des infections des os du crâne et de la face. Clostridium spp. est fréquemment retrouvé dans les infections des os longs, principalement en association avec des blessures traumatiques. Comme Clostridium spp. colonise le tractus gastro-intestinal inférieur, il peut contaminer les fractures composées des extrémités inférieures.
L’arthrite septique due à des bactéries anaérobies est fréquemment associée à la propagation d’infections contiguës ou hématogènes, aux prothèses articulaires et aux traumatismes. La plupart des cas d’arthrite septique causés par des bactéries anaérobies sont monomicrobiens. Les principales bactéries anaérobies isolées sont Peptostreptococcus spp. et P. acnes (fréquemment trouvées dans les infections de prothèses articulaires), B. fragilis et Fusobacterium spp. (fréquemment trouvées dans les infections d’origine hématogène), et Clostridium spp. (fréquemment retrouvé dans les infections après traumatisme).
BactériémieEdit
L’incidence des bactéries anaérobies dans les bactériémies varie entre 5 % et 15 %, L’incidence des bactériémies anaérobies dans les années 1990 a diminué à environ 4 % (0,5-12 %) de tous les cas de bactériémies. Une résurgence des bactériémies dues à des bactéries anaérobies a été observée récemment. Cela s’explique par un plus grand nombre de bactériémies anaérobies chez les patients présentant une maladie sous-jacente complexe ou immunodéprimés. Les isolats les plus fréquents sont le groupe B. fragilis (plus de 75% des isolats anaérobies), Clostridium spp. (10-20%), Peptostreptococcus spp. (10-15%), Fusobacterium spp. (10-15%) et P. acnes (2-5%).
Le type de bactéries impliquées dans la bactériémie est grandement influencé par la porte d’entrée de l’infection et la maladie sous-jacente. L’isolement du groupe B. fragilis et de Clostridium spp. est souvent associé à une source gastro-intestinale, les Prevotella et Porphyromonas spp. pigmentées et les Fusobacterium spp.aux sites oropharyngés et pulmonaires, les Fusobacterium spp. aux localisations de l’appareil génital féminin, P. acnes à un corps étranger, et les Peptostreptococcus spp. à toutes les sources d’infection, mais surtout aux localisations oropharyngées, pulmonaires et de l’appareil génital féminin. L’association de ces organismes est liée à l’origine de l’infection initiale et à la flore bactérienne endogène de ce site.
Les principaux facteurs qui prédisposent à la bactériémie anaérobie sont : les troubles hématologiques ; la transplantation d’organes ; la chirurgie gastro-intestinale, obstétrique ou gynécologique récente ; les néoplasmes malins ; l’occlusion intestinale ; les ulcères de décubitus ; l’extraction dentaire ; la drépanocytose ; le diabète sucré ; la postplénectomie ; le nouveau-né ; l’administration d’agents cytotoxiques ou de corticostéroïdes…,
Les présentations cliniques de la bactériémie anaérobie ne sont pas différentes de celles observées dans la bactériémie aérobie, à l’exception des signes de l’infection observés à la porte d’entrée de l’infection. Ils comprennent souvent de la fièvre, des frissons, une hypotension, un choc, une leucocytose, une anémie et une coagulation intravasculaire disséminée. Les éléments cliniques caractéristiques de la bactériémie anaérobie sont l’hyperbilirubinémie, les lésions métastatiques et la thrombophlébite suppurée. Le taux de mortalité varie entre 15% et 30% et peut être amélioré chez ceux qui sont diagnostiqués précocement et reçoivent une thérapie antimicrobienne appropriée et leur infection primaire lorsqu’elle est présente est résolue.
Infection néonataleEdit
L’exposition du nouveau-né à la flore bactérienne vaginale maternelle qui contient une flore bactérienne aérobie et anaérobie peut conduire au développement d’une infection bactérienne anaérobie. Ces infections comprennent la cellulite du site de surveillance fœtale (causée par Bacterodes spp.), la bactériémie, la pneumonie par aspiration (causée par Bacterodes spp.), la conjonctivite (causée par Clostridia), l’omphalite (causée par une flore mixte) et le botulisme infantile. Les espèces clostridiales peuvent jouer un rôle dans l’entérocolite nécrosante. La prise en charge de ces infections nécessite le traitement de l’affection ou des affections sous-jacentes, le cas échéant, et l’administration d’un traitement antimicrobien approprié.