Le benthos est constitué des organismes qui vivent sur le fond, sur les surfaces solides ou sur d’autres substrats des écosystèmes aquatiques et marins (Brinkhurst et Boltt, 1974 ; Coull, 1977). On les divise généralement en phytobenthos et zoobenthos et, selon leur taille, en macrobenthos, meiobenthos et microbenthos. Diverses fourchettes de tailles spécifiques ont été définies, mais en gros, les macrobenthos sont ceux dont la plus petite ou la plus courte dimension est supérieure à 0,5 mm, les microbenthos sont ceux dont la taille est inférieure à 0,1 mm, et les meiobenthos tous les organismes situés entre ces classes de taille.
La plupart des phyla sont représentés dans le benthos, depuis les cyanobactéries et les protozoaires jusqu’aux angiospermes et aux grands macroinvertébrés, en passant par les vertébrés (surtout primitifs). Les algues, qui sont d’importants producteurs primaires dans la plupart des systèmes, atteignent leur taille et leur influence maximales dans les communautés marines littorales. Les ordres supérieurs, tels que les spermatophytes, sont largement répandus dans la plupart des habitats peu profonds. Les protozoaires sont omniprésents. Les Porifères et les Colentérés sont représentés principalement dans les systèmes marins, tandis que les Platyhelminthes, les Nématodes, les Bryozoaires et les Oligochètes sont communs aux deux. Les Crustacés et Mollusques marins sont les plus familiers à l’homme, mais les représentants d’eau douce de ces phylums sont également communs et importants. Les insectes benthiques se trouvent principalement en eau douce, où ils jouent un rôle important dans le transfert d’énergie des producteurs primaires aux poissons et autres vertébrés supérieurs. Les représentants benthiques des Vertebrata sont généralement primitifs et marins. Seules quelques espèces relativement rares peuvent être trouvées dans les eaux douces.
La diversité des communautés benthiques tend à diminuer avec l’augmentation de la latitude et des eaux marines et estuariennes peu profondes aux eaux douces. Les plateaux côtiers ont tendance à abriter une communauté plus diversifiée que les zones abyssales, et l’océan Pacifique compte plus d’espèces que l’Atlantique (John et al., 1992).
Le substrat est le principal facteur contrôlant la répartition des espèces benthiques, qui peuvent être spécifiques des substrats durs (ceux auxquels les organismes se fixent ou dans lesquels ils percent) ou des substrats mous (sédiments de toutes tailles et de tous types). La plupart des habitats benthiques sont des substrats mous, mais les systèmes de substrats durs sont souvent beaucoup plus importants que leur superficie ne l’indique. Les récifs coralliens, créations des coelentérés, comptent parmi les écosystèmes les plus diversifiés, complexes et célèbres. Ils sont également les habitats marins les plus productifs. Les stratégies de reproduction et de croissance de nombreux organismes marins sont étroitement liées à la présence et à la nature du substrat et de nombreuses espèces marines passent une partie de leur vie dans le benthos. Les substrats durs des eaux douces ont également tendance à être plus productifs par unité de surface que les habitats sédimentaires plus courants, bien qu’ils puissent avoir une influence moins englobante dans ces systèmes évolutivement plus jeunes (Gray, 1981).
Parce que les benthos sont le plus souvent spécifiques à des substrats particuliers, et que ceux-ci peuvent être largement dispersés, de nombreux benthos ont des stratégies de dispersion qui sont associées à la reproduction (ex, insectes volants qui distribuent des œufs), ont une étape pélagique dans leur cycle de vie (par exemple, de nombreux organismes marins), ou ont des adaptations comportementales telles que la « dérive » chez les organismes benthiques lotiques ou des comportements d’évitement en présence d’autres individus. Ces comportements contribuent à garantir le maintien de l’existence et de la diversité de la communauté (Parker, 1975).