Au moment de sa mort en 1993, Frank a exhorté Gail à se retirer du monde de la musique, mais n’a jamais précisé ce qu’il fallait faire de son catalogue d’édition. En 2002, Gail a fondé le Zappa Family Trust, destiné à superviser la sortie de ses enregistrements, y compris de multiples œuvres jusqu’alors indisponibles. Le trust détient les titres et les droits d’auteur des produits musicaux et artistiques de Frank Zappa, ainsi que son image commerciale. En juillet 2015, il a été annoncé qu’Ahmet Zappa reprendrait le fonctionnement du trust. Les frères et sœurs d’Ahmet, Dweezil et Moon, ont publiquement exprimé leur frustration quant à sa nomination à ce rôle.
Décrite comme « une femme d’affaires au caractère bien trempé et avisée », Gail Zappa « s’est fréquemment confrontée aux acteurs majeurs de l’industrie musicale… ». Elle a envoyé une note se terminant par « Fuck you » à Steve Jobs au sujet de la création de l’iTunes Store. Elle a critiqué les groupes d’hommage jouant la musique de Zappa, en disant : « C’est absolument une usurpation d’identité car de mon point de vue, le public de Frank Zappa mérite d’entendre la musique – si c’est pour la première fois, surtout – présentée sous le meilleur jour possible de ce que le compositeur avait prévu. »
Édition du procès
En 2008, le Zappa Family Trust a intenté un procès aux organisateurs du festival Zappanale, qui se tient à l’extérieur de Bad Doberan, en Allemagne, leur demandant de changer le nom du festival, de retirer leurs affiches promotionnelles (qui contenaient une moustache semblable à celle de Frank Zappa, prétendument déposée) et d’enlever le buste de ce dernier qui trône dans le centre-ville depuis 2002. En janvier 2009, le tribunal a donné raison à Zappanale après que sa défense a fait valoir que, comme le Zappa Family Trust ne vend des produits que sur Internet et n’accepte que des dollars américains, il n’a pas exercé effectivement ses marques en Allemagne pendant plus de cinq ans. Le tribunal a également statué que l’utilisation de la moustache était suffisamment différente dans la marchandise de Zappanale pour ne pas créer de confusion entre les deux.