Le développement précoce du drapeau d’Israël s’inscrit dans le cadre de l’émergence du sionisme à la fin du XIXe siècle. Jacob Askowith et son fils Charles ont conçu le « drapeau de Juda », qui a été exposé le 20 juillet 1891 dans le hall de la B’nai Zion Educational Society à Boston, Massachusetts, États-Unis. Basé sur le ṭallit traditionnel, ou châle de prière juif, ce drapeau était blanc avec d’étroites bandes bleues près des bords et portait au centre l’ancien bouclier de David à six pointes avec le mot Maccabee en lettres bleues. Isaac Harris, de Boston, a présenté cette idée de drapeau en 1897 au premier congrès sioniste international, et d’autres, dont David Wolfsohn, ont proposé des modèles similaires. Des variantes ont été utilisées par le mouvement sioniste et, pendant la Seconde Guerre mondiale, par le groupe de brigades juives de l’armée britannique.
Le drapeau sioniste a été déployé en Palestine et a été hissé lorsqu’Israël a proclamé son indépendance le 14 mai 1948. Le 12 novembre de la même année, une loi adoptée par la Knesset, le parlement d’Israël, est entrée en vigueur, reconnaissant la bannière sioniste comme le drapeau national officiel. Les drapeaux destinés à être utilisés sur les navires contenaient les mêmes couleurs et le Bouclier de David, mais des fonds distinctifs ont été conçus pour les rendre plus reconnaissables en mer.
La nuance de couleur exacte du drapeau n’est pas spécifiée par la loi israélienne, ni définie par l’Institut des normes d’Israël. Une nuance de bleu foncé est cependant décrite dans un avis (18 février 1950) du Bureau israélien de l’information. Des nuances de bleu plus claires ont été utilisées dans des drapeaux antérieurs et sont encore utilisées par certaines organisations israéliennes, mais il est dit que les couleurs plus claires se décoloreraient facilement sous le soleil brillant d’Israël.