ORF FinderEdit
L’ORF Finder (Open Reading Frame Finder) est un outil d’analyse graphique qui trouve tous les cadres de lecture ouverts d’une taille minimale sélectionnable dans la séquence d’un utilisateur ou dans une séquence déjà présente dans la base de données. Cet outil identifie tous les cadres de lecture ouverts en utilisant les codes génétiques standard ou alternatifs. La séquence d’acides aminés déduite peut être sauvegardée dans différents formats et recherchée dans la base de données des séquences en utilisant le serveur BLAST (basic local alignment search tool). L’ORF Finder devrait être utile pour préparer des soumissions de séquences complètes et précises. Il est également emballé avec le logiciel de soumission de séquences Sequin (analyseur de séquences).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator est un programme qui non seulement donne des informations sur les séquences codantes et non codantes, mais peut également effectuer un alignement global par paires de différentes séquences de gènes/régions d’ADN. L’outil trouve efficacement les ORF pour les séquences d’acides aminés correspondantes et les convertit en leur code d’acide aminé à une lettre, et fournit leurs emplacements dans la séquence. L’alignement global par paire entre les séquences permet de détecter facilement les différentes mutations, y compris le polymorphisme d’un seul nucléotide. Les algorithmes de Needleman-Wunsch sont utilisés pour l’alignement des gènes. L’ORF Investigator est écrit dans le langage de programmation portable Perl, et est donc disponible pour les utilisateurs de tous les systèmes d’exploitation courants.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor est un serveur web conçu pour identifier les régions codant pour les protéines dans les séquences dérivées d’étiquettes de séquences exprimées (EST). Pour les séquences d’interrogation avec un hit dans BLASTX, le programme prédit les régions codantes sur la base des cadres de lecture de traduction identifiés dans les alignements BLASTX, sinon, il prédit la région codante la plus probable sur la base des signaux intrinsèques des séquences d’interrogation. La sortie est constituée des séquences peptidiques prédites au format FASTA, et d’une ligne de définition qui inclut l’ID de la requête, le cadre de lecture de la traduction et les positions nucléotidiques où la région codante commence et se termine. OrfPredictor facilite l’annotation des séquences dérivées d’EST, en particulier, pour les projets EST à grande échelle.
ORF Predictor utilise une combinaison des deux différentes définitions d’ORF mentionnées ci-dessus. Il recherche des étirements commençant par un codon de départ et se terminant par un codon d’arrêt. Comme critère supplémentaire, il recherche un codon stop dans la région non traduite 5′ (UTR ou NTR, région non traduite).
ORFikEdit
ORFik est un paquet R dans Bioconductor pour trouver des cadres de lecture ouverts et utiliser les technologies de séquençage de nouvelle génération pour la justification des ORF.
OrfipyEdit
Orfipy est un outil écrit en Python/Cython pour extraire les ORF d’une manière extrêmement et rapide et flexible. orfipy peut travailler avec des séquences FASTA et FASTQ simples ou gzippées, et fournit plusieurs options pour affiner les recherches d’ORF ; celles-ci incluent la spécification des codons de départ et d’arrêt, le signalement des ORF partiels et l’utilisation de tables de traduction personnalisées. Les résultats pouvaient être enregistrés dans plusieurs formats, y compris le format BED, peu encombrant. orfipy est particulièrement rapide pour les données contenant de multiples séquences FASTA plus petites, comme les assemblages de transcriptome de-novo.