La epopeya fundamental de Virgilio, la Eneida, narra el viaje de Eneas en busca de la tierra en la que está destinado a construir la ciudad que un día se convertirá en el gran Imperio Romano. La Eneida, muy influenciada por la Odisea y la Ilíada de Homero, comienza en la mitad del viaje de Eneas, cuando se acerca a la ciudad de Cartago, gobernada por Dido, que construyó la ciudad tras huir de su hermano asesino. Durante la cena de una noche, le cuenta a Dido y a su corte sus viajes hasta el momento.
Enea cuenta la historia de la caída de Troya, y cómo se vio obligado a abandonar la ciudad donde nació con su padre Anquises, su hijo Ascanio y su esposa Creusa. Durante la huida, perdió a Creusa, cuya sombra se le apareció, diciéndole que siguiera su destino, que es construir una gran ciudad y tomar una novia real. Eneas y los demás refugiados troyanos se hicieron a la mar, donde vivieron un sinfín de aventuras antes de llegar a Cartago: creyendo que su tierra predestinada estaba en Creta, fundaron allí una ciudad, sólo para ser azotados por una plaga que les obligó a marcharse; lucharon contra las Arpías y fueron maldecidos por su líder, Celeano; huyeron de la isla de los Cíclopes para evitar ser masacrados por las bestias de un solo ojo; Anquises murió en la isla de Drepanum.
Cuando Eneas termina de contar su historia a Dido, ésta se da cuenta de que se ha inflamado de amor por él, y lo persigue sin descanso. Juno manipula la situación para que la pareja pase la noche en una cueva, donde se convierten en amantes. Sin embargo, al final Eneas se da cuenta de que ha abandonado su destino al perder el tiempo en Cartago, así que prepara a sus hombres para partir. Dido se ha convencido de que los dos son en realidad marido y mujer, y está tan angustiada por el abandono de su amante que construye una pira funeraria y se suicida en ella con la espada de Eneas. Cuando Eneas y sus hombres se alejan de Cartago, ven la ciudad en llamas y a los habitantes en pánico, pero no saben que la reina ha muerto. La flota navega hasta Drepanum, donde se dedican a las celebraciones que conmemoran el primer aniversario de la muerte de Anquises, y Eneas recibe una profecía que le indica que debe viajar al Inframundo para reunirse con su padre.
Con la sibila de Cumas, Deifobe, como guía, Eneas viaja por el inframundo en busca de Anquises. En el viaje, Eneas ve una gran cantidad de vistas terribles, incluyendo las almas inquietas que no han recibido los entierros adecuados, los fantasmas de los bebés muertos, y la terrorífica fortaleza del Tártaro, donde los más horribles pecadores viven en la tortura eterna. Cuando finalmente localiza a su padre en el hermoso Elíseo, donde sólo van a descansar las almas más heroicas, Anquises le muestra las sombras que, una vez reencarnadas, se convertirán en los héroes del Imperio Romano. Eneas regresa a la tierra de los vivos, seguro de la necesidad de cumplir con su destino, y entonces zarpa hacia Laurentum, donde construirá su gran ciudad.
Cuando Eneas y sus hombres llegan a Laurentum, son recibidos calurosamente por el rey Latino, que ha escuchado una profecía según la cual su hija, Lavinia, debe casarse con un extranjero. Sin embargo, Juno, enfadada por el tratado, envía a una de las Furias para provocar problemas. La furia Alecto inicia una guerra entre los troyanos y los latinos al provocar la ira en el corazón de Turno, el otro pretendiente de Lavinia. También inspira a la esposa de Latino, la reina Amata, a hacer todo lo posible para impedir que los troyanos construyan su ciudad en Laurentum. Turnus llama a los hombres latinos a las armas contra los extranjeros, y se produce una terrible y prolongada batalla. Eneas busca la ayuda del rey Evandro, gobernante de un pobre reino vecino, y de los etruscos, que desean vengar el mal que les hizo Mezentius, uno de los partidarios de Turno. El rey Evandro confía a su hijo, Pallas, para que luche al lado del gran guerrero, pero Pallas es brutalmente asesinado por Turno, algo de lo que éste se arrepentirá.
Al final, incluso los latinos se dan cuenta de la inevitabilidad de la victoria troyana, y convocan un duelo individual entre Turno y Eneas. Sin embargo, justo cuando el duelo está a punto de comenzar, Juturna, la hermana de Turno, enardece a las tropas latinas. Un joven troyano es asesinado y la batalla comienza de nuevo. Finalmente, incluso Turno se da cuenta de que la única manera de poner fin a la matanza es a través de un duelo, por lo que los dos se encuentran en un campo. Eneas tiene claramente la ventaja durante toda la batalla, aunque Turno cuenta con la ayuda de su hermana, Juturna, hasta que Júpiter interviene y declara que los dioses no pueden seguir entrometiéndose en los asuntos de los mortales. Finalmente, Eneas derriba a Turno, y el hombre caído suplica por su vida, o al menos por que su cadáver sea enviado a su padre para ser enterrado. Aunque Eneas se siente momentáneamente conmovido por la súplica de su adversario, ve que Turno le ha colgado insensiblemente el cinturón de Palas sobre los hombros, y Eneas decide no tener piedad. La epopeya termina con Eneas clavando su espada en el corazón de Turno y luego con la sombra gimiente de Turno huyendo al Inframundo.