Margaret Rudkin comenzó a hacer pan en 1937 para su hijo menor, Mark, que tenía asma y era alérgico a la mayoría de los alimentos procesados comercialmente. El médico de su hijo se lo recomendó a sus otros pacientes y la animó a hacer más pan. Su primera venta comercial fue a su tienda de comestibles local en Fairfield, Connecticut, Mercurio’s Market. Henry, el marido de Margaret, un corredor de bolsa de Wall Street, empezó a llevar barras de pan a Nueva York para venderlas en tiendas especializadas. Ella trasladó el creciente negocio de su cocina a su garaje, y luego a una fábrica en 1940. El racionamiento durante la Segunda Guerra Mundial la obligó a reducir la producción debido a la escasa disponibilidad de ingredientes de calidad. En 1947, Margaret abrió una moderna panadería comercial en Norwalk, Connecticut, y poco después añadió plantas en Illinois y Pensilvania.
En un viaje a Europa en la década de 1950, Rudkin descubrió unas elegantes galletas de chocolate que creyó que serían populares en Estados Unidos. Compró los derechos para producirlas y venderlas, y así nació la línea Distinctive Cookies. Bajo su dirección, Pepperidge Farm continuó expandiéndose hacia otros productos, incluyendo artículos de pastelería congelados y, más tarde, las galletas de aperitivo Goldfish de Suiza. En 1961, vendió el negocio a Campbell Soup Company por 28 millones de dólares y se convirtió en la primera mujer en formar parte de su consejo de administración. Aprovechó sus conocimientos y experiencia para escribir The Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook en 1963, que fue el primer libro de cocina que entró en la lista de los más vendidos del New York Times.
El logotipo de Pepperidge Farm está basado en el Grist Mill de Sudbury, Massachusetts, que suministró a la empresa 48 toneladas de harina de trigo integral al mes desde 1952 hasta 1967.