Los panes germinados contienen el grano entero germinado (el grano o baya) de varias semillas. Se diferencian del pan blanco en que los panes blancos se elaboran con endospermo de trigo molido (tras eliminar el salvado y el germen). Los panes integrales incluyen el salvado, el germen y el endospermo, por lo que aportan más fibra, vitaminas y proteínas naturales. Los panes de grano germinado tienen aproximadamente la misma cantidad de vitaminas por gramo. El pan de grano germinado tiene un 47% menos de gluten que el pan normal.
Una comparación de los análisis nutricionales muestra que los granos germinados contienen alrededor del 75% de los carbohidratos, un poco más de proteínas y alrededor del 40% de las grasas en comparación con los granos enteros.
Además del trigo, los panes germinados pueden contener granos y legumbres como el mijo, la cebada, la avena, las lentejas y la soja. El pan que se elabora con una serie de granos y legumbres puede proporcionar un conjunto completo de aminoácidos, los componentes básicos de las proteínas. Los panes germinados pueden contener un poco más de oligoelementos y nutrientes que los panes no germinados. Aparte de eso, aportan prácticamente las mismas ventajas que los panes integrales respecto a los de grano refinado, como la disminución del riesgo de enfermedades coronarias.