Buscador de ORF
El buscador de ORF (Open Reading Frame Finder) es una herramienta de análisis gráfico que encuentra todos los marcos de lectura abiertos de un tamaño mínimo seleccionable en la secuencia de un usuario o en una secuencia que ya está en la base de datos. Esta herramienta identifica todos los marcos de lectura abiertos utilizando los códigos genéticos estándar o alternativos. La secuencia de aminoácidos deducida puede guardarse en varios formatos y buscarse en la base de datos de secuencias mediante el servidor de la herramienta de búsqueda de alineación local básica (BLAST). El ORF Finder debería ser útil para preparar presentaciones de secuencias completas y precisas. También está empaquetado con el software de presentación de secuencias Sequin (analizador de secuencias).
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator es un programa que no sólo da información sobre las secuencias codificantes y no codificantes, sino que también puede realizar la alineación global por pares de diferentes secuencias de genes/regiones de ADN. La herramienta encuentra eficientemente los ORFs para las correspondientes secuencias de aminoácidos y los convierte en su código de aminoácidos de una sola letra, y proporciona su localización en la secuencia. La alineación global por pares entre las secuencias permite detectar las diferentes mutaciones, incluido el polimorfismo de un solo nucleótido. Para la alineación de los genes se utilizan los algoritmos de Needleman-Wunsch. El ORF Investigator está escrito en el lenguaje de programación portátil Perl, y por lo tanto está disponible para los usuarios de todos los sistemas operativos comunes.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor es un servidor web diseñado para identificar las regiones de codificación de proteínas en las secuencias derivadas de la etiqueta de secuencia expresada (EST). Para las secuencias de consulta con un acierto en BLASTX, el programa predice las regiones codificantes basándose en los marcos de lectura de traducción identificados en las alineaciones de BLASTX, de lo contrario, predice la región codificante más probable basándose en las señales intrínsecas de las secuencias de consulta. La salida son las secuencias peptídicas predichas en formato FASTA, y una línea de definición que incluye el ID de la consulta, el marco de lectura de traducción y las posiciones de los nucleótidos donde comienza y termina la región codificante. OrfPredictor facilita la anotación de secuencias derivadas de EST, particularmente, para proyectos de EST a gran escala.
ORF Predictor utiliza una combinación de las dos definiciones diferentes de ORF mencionadas anteriormente. Busca tramos que comienzan con un codón de inicio y terminan en un codón de parada. Como criterio adicional, busca un codón de parada en la región no traducida 5′ (UTR o NTR, nontranslated region).
ORFikEdit
ORFik es un paquete R en Bioconductor para encontrar marcos de lectura abiertos y utilizar tecnologías de secuenciación de próxima generación para la justificación de ORFs.
orfipyEdit
orfipy es una herramienta escrita en Python/Cython para extraer ORFs de una manera extremadamente rápida y flexible. orfipy puede trabajar con secuencias FASTA y FASTQ simples o comprimidas en gzip, y proporciona varias opciones para afinar las búsquedas de ORFs; estas incluyen especificar los codones de inicio y de parada, informar de ORFs parciales, y utilizar tablas de traducción personalizadas. Los resultados pueden guardarse en varios formatos, incluido el formato BED, que ocupa poco espacio. orfipy es especialmente rápido para los datos que contienen múltiples secuencias FASTA más pequeñas, como los ensamblajes de-novo del transcriptoma.