El prejuicio anticatólico estaba todavía muy presente en la vida americana cuando JFK decidió buscar la presidencia en 1960.
Sólo un católico, el gobernador Alfred E. Smith de Nueva York, había sido nunca candidato presidencial de uno de los principales partidos. La campaña de Smith en 1928 estuvo marcada por la afirmación de que construiría un túnel que conectaría la Casa Blanca con el Vaticano y que enmendaría la Constitución para convertir el catolicismo en la religión establecida de la nación. Fue derrotado de forma abrumadora, e incluso perdió gran parte del entonces sólido sur demócrata.
JFK estableció una red informal de asesores sobre la cuestión religiosa, entre los que se encontraban el escritor de discursos Ted Sorensen, el deán Francis Bowes Sayre Jr. de la Catedral Nacional y varios periodistas. Estaba claro desde el principio que Kennedy tenía que entrar en las primarias estatales para demostrar a los escépticos líderes del partido que era un candidato nacional viable. En las primarias de Wisconsin, derrotó al senador Hubert Humphrey con el 56% de los votos, pero no consiguió la mayoría de los votos protestantes, una señal ominosa.
Como resultado, Kennedy decidió presentarse a las primarias de Virginia Occidental, un estado en el que los católicos constituían menos del 4% del electorado. Cuando las encuestas en Virginia Occidental mostraban que JFK iba perdiendo por 20 puntos, decidió abordar el tema directamente en un discurso ante la Sociedad Americana de Editores de Periódicos:
¿Vamos a admitir ante el mundo que un judío puede ser elegido alcalde de Dublín, un protestante puede ser elegido ministro de Asuntos Exteriores de Francia, un musulmán puede ser elegido al parlamento israelí, pero un católico no puede ser presidente de los Estados Unidos? ¿Vamos a admitir al mundo, y peor aún, vamos a admitirnos a nosotros mismos, que un tercio del pueblo americano está excluido para siempre de la Casa Blanca?
Al final, después de una vigorosa campaña que incluyó el uso extensivo de la riqueza personal de su familia, Kennedy ganó por 93.000 a 61.000 y declaró: «Creo que hemos enterrado el tema de la religión de una vez por todas». Se equivocó.
Asociación Ministerial del Gran Houston
En septiembre, un grupo de 150 ministros protestantes se reunieron en Washington y declararon que Kennedy no podía permanecer independiente del control de la Iglesia a menos que repudiara específicamente sus enseñanzas. Días después el senador Kennedy recibió una invitación para dirigirse a la Asociación Ministerial del Gran Houston. La cándida y elocuente actuación de Kennedy en Houston obtuvo elogios casi universales de la prensa y la película de su charla fue utilizada ampliamente por la campaña de JFK. Además, se distribuyeron más de 500.000 copias de su discurso entre el clero, especialmente el protestante, de todo el país. El tema religioso no volvió a salir a la luz de forma que exigiera toda la atención del candidato, pero siguió burbujeando bajo la superficie hasta el día de las elecciones. El vicepresidente Richard Nixon, candidato republicano, acusó a la campaña de Kennedy de utilizar la película de Houston en zonas urbanas predominantemente católicas para estimular la participación de los votantes.
Los días finales de la campaña
A finales de octubre, tres obispos de origen estadounidense en Puerto Rico emitieron una declaración en la que prohibían a los católicos votar a los candidatos que no estuvieran de acuerdo con la Iglesia sobre el aborto y el control de la natalidad. Kennedy decidió inicialmente responder a su declaración, pero finalmente llegó a la conclusión de que no era prudente centrar demasiada atención en este incidente potencialmente perjudicial. Varios estudios han llegado a la conclusión de que esta controversia, que se produjo en el peor momento posible, fue un factor importante en el repentino freno del impulso de Kennedy y en la oleada hacia Nixon en los últimos días de la campaña.
Kennedy ganó la presidencia en una de las elecciones más reñidas de la historia de Estados Unidos, con un margen de 118.000 votos sobre 69 millones. Hay pruebas sólidas de que la religión ayudó a Kennedy en varios estados urbanos e industriales, pero fue, al mismo tiempo, un factor significativo en su pérdida de Ohio, Kentucky, Florida y Tennessee, y en su ajustada victoria en Texas. El presidente Kennedy fue el único católico que ocupó el cargo más alto del país hasta que Joseph Biden fue investido en 2021.