Los genes homeóticos ocupan una posición central en la jerarquía de genes que controlan los primeros pasos del desarrollo embrionario en Drosophila. Están implicados en la especificación de la identidad individual de cada segmento del cuerpo del insecto. La mayoría de los genes homeóticos de Drosophila se localizan en dos grandes grupos de genes, el complejo Antennapedia (ANT-C) y el complejo Bithorax (BX-C). Estos genes se expresan en dos dominios parcialmente superpuestos cuyas posiciones a lo largo del eje anteroposterior del organismo son colineales con su posición dentro de cada complejo. Cinco genes del ANT-C están implicados en la especificación de la identidad de algunos segmentos de la cabeza y de la de los segmentos torácicos primero y segundo. Los tres genes del BX-C determinan las identidades del compartimento posterior del segundo y tercer segmentos torácicos y de los ocho segmentos abdominales. Los estudios moleculares han revelado que las proteínas codificadas por los genes homeóticos comparten un motivo de 60 aminoácidos, la caja homeótica, cuya estructura de hélice-giro-hélice les permite unirse como factores de transcripción a secuencias de ADN específicas en las regiones reguladoras cis de sus genes objetivo. El alto grado de conservación filogenética de los homeobox ha hecho posible la identificación y el aislamiento de más de cincuenta genes homeobox (genes Hox) en muchos organismos eucariotas, como los nematodos, Xenopus, el ratón y el hombre. En los genomas del ratón y del hombre, los genes Hox están agrupados en tándem en cuatro grandes complejos génicos situados en cromosomas separados. Las posiciones relativas de los genes dentro de los grupos y las posiciones de los límites anteriores de sus dominios de expresión a lo largo del eje anteroposterior del sistema nervioso central y la columna prevertebral del embrión de ratón resultaron ser colineales. Las similitudes entre la estructura, la organización y el patrón de expresión de los genes homeóticos de Drosophila y de los genes homeobox de los vertebrados sugieren que algunos principios básicos de la organización y el desarrollo embrionario se han conservado durante el largo período de evolución que ha transcurrido desde la divergencia de los linajes filogenéticos que dan lugar a los vertebrados y los artrópodos.