En su primer «Informe del Presidente», fechado en junio de 1866, Lee solicitó que el consejo de administración del Washington College asignara fondos para construir una capilla más grande. Lee señaló que el colegio necesitaba un espacio lo suficientemente grande para acomodar al creciente cuerpo de estudiantes y sugirió que los fideicomisarios convirtieran la antigua sala de la capilla en las tan necesarias aulas. El consejo asignó un comité para investigar el asunto. Un mes después, el comité recomendó aprobar la petición de Lee y presentó «un plan preparado por el presidente Lee». Sin embargo, otras pruebas, incluyendo una carta de 1866 del Coronel Thomas Williamson, profesor de ingeniería civil y militar del Instituto Militar de Virginia, indican que Williamson fue el arquitecto, mientras que Lee y su hijo Custis Lee actuaron como consultores. Las ilustraciones del edificio del Instituto Smithsoniano de John Renwick de 1847, también conocido como «El Castillo», influyeron mucho en el delicado diseño románico de Williamson para la Capilla Lee. Su torre, elegantemente abocinada, y sus altas ventanas enrejadas contrastaban con el resto del clásico Washington College, al que se enfrenta la columnata, y con el campus gótico del VMI.
La capilla, que Lee describió como «una adición agradable y útil a los edificios del Colegio», fue dedicada en la mañana del 14 de junio de 1868. Esa misma tarde, inaugurando una tradición del Washington College, los ejercicios de graduación se celebraron dentro de la capilla. Con el inicio del curso de septiembre, la nueva capilla se utilizó para los servicios religiosos diarios y como auditorio. Lee asistía al servicio de la capilla cada mañana y luego bajaba a trabajar a su oficina en el sótano.
Tras la muerte de Lee, su viuda eligió la capilla como lugar de entierro. Una procesión fúnebre llevó sus restos a la capilla el 14 de octubre de 1870, y los cadetes de VMI proporcionaron la guardia de honor durante la noche. El funeral de Lee se celebró a la mañana siguiente, seguido de su entierro en una bóveda de ladrillo revestida de cemento en el sótano de la capilla. Una ceremonia en la capilla el 19 de enero de 1872 -cumpleaños de Lee- contó con un discurso de Jubal A. Early en el que el antiguo general confederado defendió la «maravillosa habilidad y audacia de Lee como comandante militar». El discurso se pronunció en el contexto de las discusiones entre los antiguos confederados sobre quién era el culpable de la derrota confederada en la Guerra Civil (y especialmente de la derrota en la batalla de Gettysburg en julio de 1863) y fue un acontecimiento histórico en la creación de la llamada visión de la guerra de la Causa Perdida.
Sólo un año después de su muerte, en 1871, la Lee Memorial Association encargó una estatua de mármol de tamaño natural a Edward Valentine. No se encontró un lugar adecuado para ella hasta el 28 de junio de 1883, cuando se dedicó el Mausoleo de Lee y una sala conmemorativa en la parte trasera de la capilla.
La tumba y la estatua de Lee fueron veneradas desde el momento de su creación -en consonancia con el estatus de Lee como el héroe definitivo en la interpretación de la Causa Perdida de la Guerra Civil- pero la capilla sólo obtuvo reconocimiento como santuario sagrado tras el cambio de siglo. La discusión sobre la ampliación de la capilla en la década de 1920 ayudó a consolidar su estatus como monumento a la vida y el carácter de Lee, pero en su lugar la capilla fue protegida contra el fuego. Las obras de restauración de la década de 1960 actualizaron la estructura, pero provocaron la pérdida de gran parte del material original. Las renovaciones más conservadoras de la década de 1990 proporcionaron cableado y servicios modernos, al tiempo que protegieron la integridad arquitectónica de la capilla. Aunque ya no es lo suficientemente grande como para albergar a todo el alumnado, la capilla y sus terrenos siguen sirviendo como lugar para importantes eventos universitarios y cívicos, y para honrar el legado de su homónimo.