El desarrollo temprano de la bandera de Israel fue parte del surgimiento del sionismo a finales del siglo XIX. Jacob Askowith y su hijo Charles diseñaron la «bandera de Judá», que se exhibió el 20 de julio de 1891 en el salón de la Sociedad Educativa B’nai Zion en Boston, Massachusetts, EE.UU. Basada en el tradicional ṭallit, o chal de oración judío, esa bandera era blanca con estrechas franjas azules cerca de los bordes y llevaba en el centro el antiguo Escudo de David de seis puntas con la palabra Maccabee en letras azules. Isaac Harris, de Boston, presentó esta idea de bandera en 1897 al primer Congreso Sionista Internacional, y otros, como David Wolfsohn, propusieron diseños similares. El movimiento sionista utilizó variaciones y, durante la Segunda Guerra Mundial, el Grupo de Brigadas Judías del ejército británico.
La bandera sionista se exhibió en Palestina y se izó cuando Israel proclamó su independencia el 14 de mayo de 1948. El 12 de noviembre de ese año entró en vigor una ley aprobada por la Knesset, el parlamento de Israel, que reconocía la bandera sionista como bandera nacional oficial. Las banderas para uso en los barcos contenían los mismos colores y el Escudo de David, pero se diseñaron fondos distintivos para hacerlas más reconocibles en el mar.
El tono de color exacto para la bandera no está especificado por la ley israelí, ni está definido por el Instituto de Normas de Israel. Sin embargo, se describe un tono oscuro de azul en un aviso (18 de febrero de 1950) de la Oficina de Información de Israel. En banderas anteriores se utilizaban tonos más claros de azul y todavía los utilizan algunas organizaciones israelíes, pero se dice que los colores más claros se desvanecerían fácilmente bajo el brillante sol de Israel.