Margaret Rudkin begann 1937 mit dem Backen von Brot für ihren jüngsten Sohn Mark, der Asthma hatte und auf die meisten kommerziell verarbeiteten Lebensmittel allergisch reagierte. Der Arzt ihres Sohnes empfahl es seinen anderen Patienten und ermutigte sie, mehr Brot zu backen. Ihr erster kommerzieller Verkauf war an ihren örtlichen Lebensmittelhändler in Fairfield, Connor, Mercurio’s Market. Margarets Ehemann Henry, ein Broker an der Wall Street, begann, Brote mit nach New York zu nehmen, um sie in Spezialgeschäften zu verkaufen. Sie verlegte das wachsende Geschäft aus ihrer Küche in ihre Garage und 1940 dann in eine Fabrik. Die Rationierung während des Zweiten Weltkriegs zwang sie, die Produktion aufgrund der eingeschränkten Verfügbarkeit von Qualitätszutaten zu reduzieren. 1947 eröffnete Margaret Rudkin eine moderne Großbäckerei in Norwalk, Connecticut, und bald darauf kamen Betriebe in Illinois und Pennsylvania hinzu.
Auf einer Europareise in den 1950er Jahren entdeckte Rudkin ausgefallene Schokoladenkekse, von denen sie glaubte, dass sie in den Vereinigten Staaten beliebt sein würden. Sie kaufte die Rechte für die Produktion und den Verkauf dieser Kekse, und die Linie Distinctive Cookies war geboren. Unter ihrer Leitung expandierte Pepperidge Farm weiter in andere Produkte, darunter tiefgefrorene Backwaren und später auch die Goldfish-Snackcracker aus der Schweiz. 1961 verkaufte sie das Unternehmen für 28 Millionen Dollar an die Campbell Soup Company und wurde die erste Frau, die in deren Vorstand saß. Ihr Wissen und ihre Erfahrung nutzte sie, um 1963 das Margaret Rudkin Pepperidge Farm Cookbook zu schreiben, das es als erstes Kochbuch überhaupt auf die Bestsellerliste der New York Times schaffte.
Das Pepperidge Farm-Logo ist der Grist Mill in Sudbury, Massachusetts, nachempfunden, die das Unternehmen von 1952 bis 1967 monatlich mit 48 Tonnen Vollkornmehl belieferte.