Das dritte Auge, sofern vorhanden, ist immer viel kleiner als die beiden Hauptaugenpaare, und bei lebenden Arten ist es immer von der Haut bedeckt und in der Regel von außen nicht ohne weiteres sichtbar.
Das Parietalauge ist ein Teil des Epithalamus, der in zwei Hauptteile unterteilt werden kann; die Epiphyse (das Zirbeldrüsenorgan, oder Zirbeldrüse, wenn es hauptsächlich endokrin ist) und das Parapinealorgan (oft Parietalauge genannt, oder drittes Auge, wenn es photorezeptiv ist). Das Parietalauge entsteht als vordere Ausstülpung des Zirbeldrüsenorgans oder als separater Auswuchs aus dem Dach des Zwischenhirns. Bei einigen Arten ragt es durch den Schädel. Das Parietalauge verwendet eine andere biochemische Methode der Lichterkennung als die Stäbchen- oder Zapfenzellen in einem normalen Wirbeltierauge.
Viele der ältesten fossilen Wirbeltiere, darunter Ostrakodermen, Plakodermen, Crossopterygier und sogar frühe Tetrapoden, hatten eine Augenhöhle im Schädel, die ein funktionsfähiges drittes Auge enthalten zu haben scheint. Diese Augenhöhle ist als Foramen zwischen den Scheitelknochen auch bei vielen lebenden Amphibien und Reptilien erhalten geblieben, während sie bei Vögeln und Säugetieren verschwunden ist.
Lampire haben zwei Scheitelaugen, eines, das sich aus dem Parapinealorgan und das andere aus dem Zirbeldrüsenorgan entwickelt hat. Diese befinden sich hintereinander in der Mitte der Oberseite des Hirngehäuses. Da Neunaugen zu den primitivsten aller lebenden Wirbeltiere gehören, ist es möglich, dass dies der ursprüngliche Zustand unter den Wirbeltieren war und es bodenbewohnenden Arten ermöglichte, Bedrohungen von oben wahrzunehmen.
Saniwa, eine ausgestorbene Waraneidechse, hatte wahrscheinlich zwei Scheitelaugen, von denen sich eines aus dem Zirbeldrüsenorgan und das andere aus dem Parapinealorgan entwickelte. Saniwa ist das einzige bekannte Kieferwirbeltier, das sowohl ein Zirbeldrüsen- als auch ein Parapinealauge hat. Bei den meisten Wirbeltieren bildet das Zirbeldrüsenorgan das parietale Auge, bei Lepidosauriern wird es jedoch aus dem parapinealen Organ gebildet. Dies impliziert, dass Saniwa das Zirbeldrüsenauge neu entwickelt hat.