ORF FinderEdit
Der ORF Finder (Open Reading Frame Finder) ist ein grafisches Analysewerkzeug, das alle offenen Leserahmen einer wählbaren Mindestgröße in einer Sequenz des Benutzers oder in einer bereits in der Datenbank vorhandenen Sequenz findet. Dieses Tool identifiziert alle offenen Leserahmen anhand des Standard- oder alternativen genetischen Codes. Die abgeleitete Aminosäuresequenz kann in verschiedenen Formaten gespeichert und mit dem Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) Server gegen die Sequenzdatenbank durchsucht werden. Der ORF Finder sollte bei der Vorbereitung vollständiger und genauer Sequenzeinreichungen hilfreich sein. Er wird auch mit der Sequin-Sequenzeinreichungssoftware (Sequenzanalysator) mitgeliefert.
ORF InvestigatorEdit
ORF Investigator ist ein Programm, das nicht nur Informationen über die kodierenden und nicht-kodierenden Sequenzen liefert, sondern auch ein paarweises globales Alignment verschiedener Gen/DNA-Regionen-Sequenzen durchführen kann. Das Tool findet effizient die ORFs für entsprechende Aminosäuresequenzen und konvertiert sie in ihren Ein-Buchstaben-Aminosäure-Code und liefert ihre Positionen in der Sequenz. Das paarweise globale Alignment zwischen den Sequenzen macht es bequem, die verschiedenen Mutationen, einschließlich Einzelnukleotid-Polymorphismus, zu erkennen. Für das Gen-Alignment werden Needleman-Wunsch-Algorithmen verwendet. Der ORF Investigator ist in der portablen Programmiersprache Perl geschrieben und steht daher Anwendern aller gängigen Betriebssysteme zur Verfügung.
ORF PredictorEdit
OrfPredictor ist ein Webserver, der für die Identifizierung von Protein-kodierenden Regionen in EST-Sequenzen (expressed sequence tag) entwickelt wurde. Für Abfragesequenzen mit einem Treffer in BLASTX sagt das Programm die kodierenden Regionen basierend auf den in BLASTX-Alignments identifizierten Translationsleserahmen voraus, ansonsten sagt es die wahrscheinlichste kodierende Region basierend auf den intrinsischen Signalen der Abfragesequenzen voraus. Die Ausgabe sind die vorhergesagten Peptidsequenzen im FASTA-Format und eine Definitionszeile, die die Abfrage-ID, das Translationsleseraster und die Nukleotidpositionen enthält, an denen die kodierende Region beginnt und endet. OrfPredictor erleichtert die Annotation von EST-abgeleiteten Sequenzen, insbesondere bei großen EST-Projekten.
ORF Predictor verwendet eine Kombination aus den beiden oben genannten unterschiedlichen ORF-Definitionen. Er sucht nach Abschnitten, die mit einem Startcodon beginnen und mit einem Stoppcodon enden. Als zusätzliches Kriterium sucht er nach einem Stoppcodon in der 5′ untranslatierten Region (UTR oder NTR, nontranslated region).
ORFikEdit
ORFik ist ein R-Paket in Bioconductor, um offene Leserahmen zu finden und Next Generation Sequencing Technologien für die Rechtfertigung von ORFs zu nutzen.
orfipyEdit
orfipy ist ein in Python/Cython geschriebenes Werkzeug, um ORFs auf extrem schnelle und flexible Weise zu extrahieren. orfipy kann mit einfachen oder gzipped FASTA- und FASTQ-Sequenzen arbeiten und bietet mehrere Optionen zur Feinabstimmung der ORF-Suche; dazu gehören die Angabe der Start- und Stopp-Codons, die Meldung partieller ORFs und die Verwendung benutzerdefinierter Übersetzungstabellen. Die Ergebnisse können in mehreren Formaten gespeichert werden, einschließlich des platzsparenden BED-Formats. orfipy ist besonders schnell für Daten, die mehrere kleinere FASTA-Sequenzen enthalten, wie z. B. de-novo Transkriptom-Assemblies.