Meriwether Lewis wurde 1774 in Albemarle County, Virginia geboren; das erste Kind von Lucy Meriwether und William Lewis. Sein Vater starb 1779 an einer Lungenentzündung, und kurz darauf heiratete seine Mutter erneut und zog mit der Familie nach Georgia. Während er in Georgia lebte, reiste Lewis oft nach Virginia, um das Anwesen seiner Familie zu verwalten. Jahre später, als Lewis im späten Teenageralter war, starb auch sein Stiefvater und ließ Lewis als Haushaltsvorstand für seine Mutter und vier Geschwister zurück.
Lewis trat 1794 in die US-Armee ein und wurde 1800 zum Hauptmann befördert. Während seiner Zeit in der Armee schloss er Freundschaft mit einem kommandierenden Offizier, William Clark. Im Jahr 1801 wurde er Thomas Jeffersons persönlicher Sekretär, nachdem Jefferson im Jahr 1800 zum Präsidenten gewählt worden war. Lewis und Jefferson hatten in Virginia nahe beieinander gelebt und sich so gut kennengelernt. Lewis diente in dieser Rolle bis 1803, als er ausgewählt wurde, eine Expedition nach Westen zu leiten.
Lewis bereitete sich auf seine Reise vor, indem er Vorräte beschaffte und bei führenden Wissenschaftlern studierte. Er studierte Astronomie bei Andrew Ellicott, Botanik bei Dr. Benjamin Smith Barton, Vermessung und Mathematik bei Robert Patterson, Medizin bei Dr. Benjamin Rush und Anatomie bei Dr. Caspar Wistar.
Zwischen 1804 und 1806 führte er zusammen mit William Clark das Corps of Discovery zum Pazifischen Ozean. Nach ihrer Rückkehr ernannte Jefferson Lewis zum Gouverneur des Louisiana-Territoriums, ein Posten, den er Anfang März 1807 antrat. Lewis hatte Schwierigkeiten in diesem Amt, zu denen persönliche Konflikte und Fragen über die Verwendung der Regierungsgelder gehörten. Er begann stärker zu trinken und sein Verhältnis zu Jefferson wurde zunehmend angespannt. Im Jahr 1809 beschloss Lewis, nach Washington DC zu reisen, um seinen Fall vor der neuen Regierung zu vertreten. Am 11. Oktober 1809 erschoss sich Meriwether Lewis während seines Aufenthalts in einem Gasthaus in Tennessee entlang des Natchez Trace Parkway und nahm sich das Leben.