Maulesel sind aufgrund der unterschiedlichen Chromosomenzahl von Pferd und Esel schwierig zu erhalten. Ein Esel hat 62 Chromosomen, während ein Pferd 64 hat. Maulesel, die Hybriden dieser beiden Arten sind, haben 63 Chromosomen und sind in den meisten Fällen steril. Die ungerade Anzahl von Chromosomen führt zu einem unvollständigen Fortpflanzungssystem. Die ADMS sagt: „Die Equidenhybride ist leichter zu erhalten, wenn die niedrigere Chromosomenzahl, der Esel, im Männchen steckt. Daher ist die Zucht auf Maulesel eher ein Treffer als auf Maultiere.“
Der männliche Maulesel oder das Maultier kann und wird sich paaren, aber die Emission ist nicht fruchtbar. Männliche Maultiere und Maulesel werden normalerweise kastriert, um ihr Verhalten zu kontrollieren, indem man ihr Interesse an weiblichen Tieren ausschaltet.
Weibliche Maultiere und Maulesel werden normalerweise nicht kastriert und können einen Östrus durchlaufen oder auch nicht. Es ist bekannt, dass weibliche Maultiere in seltenen Fällen Nachkommen produzieren, wenn sie mit einem Pferd oder Esel gepaart werden, obwohl dies extrem selten ist. Seit 1527 wurden weltweit sechzig Fälle von Fohlen dokumentiert, die von weiblichen Maultieren geboren wurden. Im Gegensatz dazu ist laut ADMS nur ein einziger Fall bekannt, in dem ein weiblicher Maulesel dies tat.
In China erwies sich 1981 eine Mauleselstute mit einem Eselvater als fruchtbar. Als die chinesische Mauleselin mit einem Buben verpaart wurde, brachte sie das sogenannte „Drachenfohlen“ hervor, das einem Esel mit maultierähnlichen Zügen ähnelte. In Marokko brachte 2002 eine Maultierstute, die mit einem Eselvater verpaart wurde, ein männliches Fohlen hervor. DNA-Tests ergaben, dass das Fohlen einen gemischten Karyotyp-Hybrid hat, wie der chinesische Maulesel-Nachkomme „Dragon Foal“.
Maultiere sind aus vielen anderen Gründen selten. Esel-Jennys und Pferde-Hengste können bei der Partnerwahl wählerischer sein als Pferdestuten und Esel-Buben. So kann es sein, dass sich die beiden beteiligten Parteien gar nicht paaren wollen. Selbst wenn sie kooperieren, ist die Wahrscheinlichkeit, dass Eselhennen mit einem Pferdehengst schwanger werden, geringer als die von Pferdestuten mit einem Eselbuben. Die Zucht von großen Mauleseln ist eine noch größere Herausforderung, da sie die Abstammung von einem Esel von großer Größe erfordert, wie z.B. dem Baudet de Poitou oder dem amerikanischen Mammut-Esel. Mammut-Esel werden immer seltener und wurden zu einer gefährdeten Hausrasse erklärt. Es ist unwahrscheinlich, dass Züchter die wertvolle Zuchtzeit einer Mammut-Jenny für die Produktion von sterilen Maulesel-Hybriden aufwenden, wenn Mammut-Jennys sehr gefragt sind, um fruchtbare reinrassige Mammut-Fohlen zu produzieren.