In seinem ersten „Bericht des Präsidenten“ vom Juni 1866 forderte Lee das Kuratorium des Washington College auf, Mittel für den Bau einer größeren Kapelle bereitzustellen. Lee wies darauf hin, dass das College einen Raum benötigte, der groß genug war, um die wachsende Studentenschaft unterzubringen und schlug vor, dass die Kuratoren den alten Kapellenraum in dringend benötigte Klassenräume umwandeln sollten. Der Vorstand beauftragte ein Komitee, die Angelegenheit zu untersuchen. Einen Monat später empfahl das Komitee, Lees Antrag zu genehmigen und legte „einen von Präsident Lee vorbereiteten Plan vor.“ Andere Belege, darunter ein Brief von Colonel Thomas Williamson, Professor für Zivil- und Militärtechnik am Virginia Military Institute, aus dem Jahr 1866, weisen jedoch darauf hin, dass Williamson der Architekt war, während Lee und sein Sohn Custis Lee als Berater fungierten. Illustrationen von John Renwicks Gebäude der Smithsonian Institution von 1847, das auch als „The Castle“ bekannt ist, beeinflussten Williamsons zartes romanisches Design der Lee Chapel stark. Ihr anmutig ausgestellter Turm und die hohen vergitterten Fenster standen in starkem Kontrast zum Rest des klassizistischen Washington College, dessen markanter Kolonnade sie gegenüberliegt, und dem gotischen VMI-Campus.
Die Kapelle, die Lee als „eine angenehme sowie nützliche Ergänzung zu den College-Gebäuden“ beschrieb, wurde am Morgen des 14. Juni 1868 eingeweiht. Später am Nachmittag wurden in der Kapelle die Einweihungsfeiern abgehalten und damit eine Tradition des Washington College begründet. Mit Beginn des Septembersemesters wurde die neue Kapelle für tägliche Gottesdienste und als Auditorium genutzt. Lee besuchte jeden Morgen den Gottesdienst in der Kapelle und ging dann die Treppe hinunter, um in seinem Büro im Untergeschoss zu arbeiten.
Nach Lees Tod wählte seine Witwe die Kapelle als Ort für seine Beerdigung. Ein Leichenzug trug seine sterblichen Überreste am 14. Oktober 1870 zur Kapelle, und Kadetten des VMI bildeten die Ehrengarde durch die Nacht. Lees Beerdigung fand am nächsten Morgen statt, gefolgt von seiner Beisetzung in einem mit Zement ausgekleideten Ziegelgewölbe im Keller der Kapelle. Eine Zeremonie in der Kapelle am 19. Januar 1872 – Lees Geburtstag – beinhaltete eine Ansprache von Jubal A. Early, in der der ehemalige konföderierte General Lees „wunderbare Fähigkeiten und Kühnheit als militärischer Befehlshaber“ hervorhob. Die Rede wurde im Kontext der Auseinandersetzungen unter den ehemaligen Konföderierten darüber gehalten, wer die Schuld an der Niederlage der Konföderierten im Bürgerkrieg (und insbesondere an der Niederlage in der Schlacht von Gettysburg im Juli 1863) trug und war ein Meilenstein in der Entstehung der sogenannten Lost Cause-Sicht auf den Krieg.
Nur ein Jahr nach seinem Tod, 1871, gab die Lee Memorial Association eine lebensgroße Marmorstatue bei Edward Valentine in Auftrag. Erst am 28. Juni 1883 wurden das Lee-Mausoleum und ein Gedenkraum an der Rückseite der Kapelle eingeweiht.
Lees Grab und Statue wurden von Anfang an verehrt – entsprechend Lees Status als ultimativer Held in der Lost Cause-Interpretation des Bürgerkriegs -, aber die Kapelle wurde erst nach der Jahrhundertwende als heiliger Schrein anerkannt. Die Diskussion über eine Vergrößerung der Kapelle in den 1920er Jahren trug dazu bei, ihren Status als Gedenkstätte für das Leben und den Charakter von Lee zu festigen, aber die Kapelle wurde stattdessen feuerfest gemacht. Restaurierungsarbeiten in den 1960er Jahren aktualisierten die Struktur, führten aber zum Verlust von viel Originalmaterial. Konservativere Renovierungen in den 1990er Jahren sorgten für moderne Verkabelung und Annehmlichkeiten, während die architektonische Integrität der Kapelle geschützt wurde. Obwohl sie nicht mehr groß genug ist, um die gesamte Studentenschaft zu beherbergen, dienen die Kapelle und ihr Gelände weiterhin als Ort für wichtige kollegiale und zivile Veranstaltungen und um das Vermächtnis ihres Namensgebers zu ehren.